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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wa4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the M131F L135A EvaD double mutant | ||||||
![]() | PCZA361.16 | ||||||
![]() | EPIMERASE / EVAD / AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS / DOUBLE MUTANT / ORF24 | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merkel, A.B. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the M131F L135A Evad Double Mutant 著者: Merkel, A.B. / Naismith, J.H. #1: ![]() タイトル: The Position of a Key Tzrosine in Dtdp-4-Keto-6-Deoxy-D-Glucose-5-Epimerase (Evad) Alters the Substrate Profile for This Rmlc-Like Enzyme 著者: Merkel, A.B. / Major, L.L. / Errey, J.C. / Burkart, M.D. / Field, R.A. / Walsh, C.T. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ofnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22485.596 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: COSMID PCZA361 (AJ223998) / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 100MM TRIS, PH8, 150MM NACL, 25%W/V PEG8000, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→48.22 Å / Num. obs: 9756 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OFN 解像度: 2.1→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 9.575 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.22 Å
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拘束条件 |
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