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万見
- PDB-1w9z: Structure of Bannavirus VP9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9z
タイトルStructure of Bannavirus VP9
要素VP9
キーワードVIRUS COAT PROTEIN / DSRNA VIRUS / OUTER CORE PROTEIN
機能・相同性Recoverin; domain 1 / Reoviridae VP9, N-terminal domain / Outer capsid protein VP9/VP10/VP11 / Outer capsid protein VP9, N-terminal / Reoviridae VP9 / Helix non-globular / Special / identical protein binding / VP9
機能・相同性情報
生物種BANNA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Jaafar, F.M. / Attoui, H. / Bahar, M.W. / Siebold, C. / Sutton, G. / Mertens, P.P.C. / Micco, P. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Lamballerie, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The Structure and Function of the Outer Coat Protein Vp9 of Banna Virus
著者: Jaafar, F.M. / Attoui, H. / Bahar, M.W. / Siebold, C. / Sutton, G. / Mertens, P.P.C. / De Micco, P. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / De Lamballerie, X.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP9
B: VP9
C: VP9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6263
ポリマ－91,6263
非ポリマー00
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.386, 73.739, 95.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50038, -0.8658, 0.00259), (0.86563, -0.50034, -0.01841), (0.01724, -0.00697, 0.99983)-37.85624, 28.56519, 0.70023
2given(-0.49773, 0.8673, 0.00748), (-0.86733, -0.49773, -0.00173), (0.00222, -0.00735, 0.99997)-43.32686, -18.56732, 0.29084

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要素

#1: タンパク質 VP9 / BANNAVIRUS VP9


分子量: 30542.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BANNA VIRUS (ウイルス) / 株: BAV-CH / プラスミド: PGEX-4T-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): BL-CODONPLUS(DE3)-RP-X / 参照: UniProt: Q9YWN5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 % / 解説: NO NATIVE DATA WERE COLLECTED
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES-NA, PH 7.5, 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 10% (V/V) ISO-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.87, 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.971
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 27995 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC18.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.56→94.92 Å / SU B: 21.923 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.743 / ESU R Free: 0.309
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24844 1417 5.1 %RANDOM
Rwork0.18317 ---
obs0.18646 26540 98.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å2-0.77 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3---2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→94.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 0 200 6009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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