[日本語] English
万見
- PDB-1w8s: The mechanism of the Schiff Base Forming Fructose-1,6-bisphosphat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w8s
タイトルThe mechanism of the Schiff Base Forming Fructose-1,6-bisphosphate Aldolase: Structural analysis of reaction intermediates
要素FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
キーワードLYASE / ALDOLASE / FRUCTOSE 1 / 6-BISPHOSPHATE / TIM BARREL / GLYCOLYTIC / ARCHAEAL / CATALYTIC MECHANISM / REACTION INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldolase FbaB-like, archaeal-type / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Fructose-bisphosphate aldolase class 1
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOPROTEUS TENAX (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Hensel, R. / Siebers, B. / Pohl, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Mechanism of the Schiff base forming fructose-1,6-bisphosphate aldolase: structural analysis of reaction intermediates.
著者: Lorentzen, E. / Siebers, B. / Hensel, R. / Pohl, E.
履歴
登録2004年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / refine / reflns / reflns_shell
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _refine.ls_percent_reflns_obs / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA, BA, CA" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA, BA, CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 9-STRANDED BARRELS WHICH ARE REPRESENTED BY 10-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DA, EA, FA, GA, HA, IA, JA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 7-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY 8-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
H: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
I: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,08120
ポリマ－286,68010
非ポリマー3,40110
水24,5361362
1
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,04010
ポリマ－143,3405
非ポリマー1,7015
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
H: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
I: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,04010
ポリマ－143,3405
非ポリマー1,7015
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.500, 157.300, 101.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.96895, -0.16745, -0.18194), (-0.11733, 0.33637, -0.93439), (0.21767, 0.92672, 0.30628)
ベクター: 21.34281, 90.45076, -70.82803)

-
要素

#1: タンパク質
FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE CLASS I / FBP ALDOLASE


分子量: 28667.971 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYCLIC FBP BOUND / 由来: (組換発現) THERMOPROTEUS TENAX (古細菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P58315, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES TYR 146 PHE, TRP 144 GLU CHAINS: A, B, C, D, E, F, G, H, I, J

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 5
詳細: 9% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NAACETATE PH 5.0, 1-8% GLYCEROL, 100 MM FBP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.842
検出器日付: 2003年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 199708 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 60

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OJX

1ojx


解像度: 1.85→40 Å / SU B: 2.759 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115
詳細: DEFAULT REFMAC5 BULK SOLVENT MODELLING. RESIDUES 1-2 AND 153-263 DISORDERED AND NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 2012 1 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.149 197604 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.875 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19298 0 200 1362 20860

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る