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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w8m | ||||||
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タイトル | Enzymatic and Structural Characterisation of Non Peptide Ligand Cyclophilin Complexes | ||||||
![]() | PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A | ||||||
![]() | ISOMERASE / COMPLEX (ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT) / NON PEPTIDE LIGAND / MULTIGENE FAMILY / ROTAMASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / positive regulation of viral genome replication / Binding and entry of HIV virion / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kontopidis, G. / Taylor, P. / Walkinshaw, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzymatic and Structural Characterization of Non-Peptide Ligand-Cyclophilin Complexes 著者: Kontopidis, G. / Taylor, P. / Walkinshaw, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-E1P / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 100MM TRIS.HCL (PH 8.0), 22% (W/V) PEG 8000, 5% (V/V) DMSO, 0.02% NAN3. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH 300 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→24 Å / Num. obs: 17641 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 86.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CWH 解像度: 1.65→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.779 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→15 Å
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拘束条件 |
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