[日本語] English
万見
- PDB-1w8g: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI K-12 YGGS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w8g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI K-12 YGGS
要素HYPOTHETICAL UPF0001 PROTEIN YGGS
キーワードPLP-BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / HYPOTHETICAL PROTEIN / PUTATIVE ENZYME WITH PLP-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein family UPF0001 signature. / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOCITRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Pyridoxal phosphate homeostasis protein / Pyridoxal phosphate homeostasis protein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Bignon, C. / Vincentelli, R. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of E. Coli K-12 Yggs
著者: Sulzenbacher, G. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Bignon, C. / Vincentelli, R. / Cambillau, C.
履歴
登録2004年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL UPF0001 PROTEIN YGGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2603
ポリマ－25,8201
非ポリマー4392
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.017, 124.017, 83.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2029-

HOH

21A-2067-

HOH

31A-2068-

HOH

41A-2083-

HOH

51A-2137-

HOH

61A-2181-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL UPF0001 PROTEIN YGGS / YGGS


分子量: 25820.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PLP-BINDING DOMAIN, COMPLEX WITH PLP / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52054, UniProt: P67080*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 16% ISOPROPANOL, 0.1 M NA-CITRATE BUFFER PH 6, 5% SODIUM DEXTRANE SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39 Å / Num. obs: 22295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B54

1b54


解像度: 2→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.364 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE TOTAL B VALUES (TLS COMPONENT + RESIDUAL) ARE GIVEN FOR EACH ATOM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1222 5.5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 21064 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 28 274 2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.9752525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77434061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2615233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17923.03489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15315329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1071522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.21716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8191.51498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87621846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5573796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3374.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.196 71
Rwork0.172 1504
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 82.0717 Å / Origin y: 6.7642 Å / Origin z: 8.0175 Å
111213212223313233
T-0.0308 Å2-0.0103 Å20.0168 Å2--0.0408 Å2-0.0065 Å2---0.0327 Å2
L0.9542 °20.1585 °20.1848 °2-0.7441 °2-0.2411 °2--1.0584 °2
S0.0023 Å °-0.0251 Å °0.0009 Å °0.034 Å °0.0085 Å °0.0134 Å °0.0077 Å °-0.0104 Å °-0.0108 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る