PDB-1w7p: The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w7p

タイトル

The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/VPS36)

要素

VPS22, YPL002C
VPS25, YJR102C
VPS36P, YLR417W

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ESCRT-II COMPLEX / ENDOSOMAL PROTEIN SORTING

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT II complex / carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / ATP export / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to vacuole / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Teo, H. / Perisic, O. / Gonzalez, B. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2004
タイトル: Escrt-II, an Endosome-Associated Complex Required for Protein Sorting: Crystal Structure and Interactions with Escrt-III and Membranes
著者: Teo, H. / Perisic, O. / Gonzalez, B. / Williams, R.L.

履歴

登録	2004年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: cell / chem_comp_atom ...cell / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_oper Item: _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI ..._cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_oper.code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w7p.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w7p.ent.gz	127.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w7p_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w7p_full_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示
XML形式データ	1w7p_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	1w7p_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u5t
類似構造データ	1u5t-d 5oki-2 4k07-d 4gnx-d 3uys-d 4nup-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VPS22, YPL002C

B: VPS25, YJR102C

C: VPS25, YJR102C

D: VPS36P, YLR417W

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.908, 149.908, 186.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	C
1	2	B
2	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	SER	SER	B	B	6 - 47	6 - 47
2	1	1	PRO	PRO	SER	SER	C	C	6 - 47	6 - 47
1	2	1	GLU	GLU	TRP	TRP	B	B	79 - 125	79 - 125
2	2	1	GLU	GLU	TRP	TRP	C	C	79 - 125	79 - 125
1	1	2	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	126 - 138	126 - 138
2	1	2	LYS	LYS	TRP	TRP	C	C	126 - 138	126 - 138
1	2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	145 - 192	145 - 192
2	2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	C	C	145 - 192	145 - 192

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9228, -0.3852, 0.0096), (0.3775, -0.9087, -0.1784), (0.0774, -0.161, 0.9839)
ベクター: 226.5329, 68.7742, 19.5745)

#1: タンパク質	VPS22, YPL002C / SNF8P 分子量: 26988.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q12483
#2: タンパク質	VPS25, YJR102C / VPT25 分子量: 23582.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P47142
#3: タンパク質	VPS36P, YLR417W / GRD12 / VAC3 / VPL11 分子量: 64092.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q06696
配列の詳細	THE SAMPLE USED FOR CRYSTALLIZATION INCLUDED THE FULL LENGTH PROTEIN BUT IT APPEARS THAT CHAIN D ...THE SAMPLE USED FOR CRYSTALLIZATION INCLUDED THE FULL LENGTH PROTEIN BUT IT APPEARS THAT CHAIN D WAS PROTEOLYTICALLY CLEAVED DURING CRYSTALLIZATION SOLUTION AND IS ONLY VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS FROM RESIDUE D396 ONWARDS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.64 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 3.1% PEG35000, 0.1 M TRIS ACETATE PH 8.5, 1.36 M SODIUM FORMIATE, 19% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.055
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月31日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.055 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→92.06 Å / Num. obs: 24861 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SnB		位相決定
autoSHARP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.6→92.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 44.696 / SU ML: 0.616 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.615 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33	1216	4.9 %	RANDOM
R_work	0.292	-	-	-
obs	0.294	23786	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→92.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6134	0	0	0	6134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.954	8454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	13205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.271	5	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	7400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.273	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.341	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.181	1.5	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.357	2	6067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.555	3	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.924	4.5	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1435	loose positional	0.61	5
2	978	loose positional	1.05	5
1	1435	loose thermal	0.64	10
2	978	loose thermal	0.23	10

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.467	83
R_work	0.489	1629

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2109	-1.409	-4.4139	12.281	8.3518	5.2702	0.1069	-0.0748	0.5091	0.7075	-0.3441	1.0691	-0.4991	-1.6998	0.2372	1.4434	0.7477	-0.253	2.3604	-0.1583	1.572	69.5049	66.873	158.7599
2	9.5895	0.8347	3.464	4.0688	4.0442	9.4594	0.0661	1.3938	-0.7395	-1.5359	-0.7986	0.4926	0.8998	-0.6805	0.7325	2.0551	-0.3958	0.1234	0.9265	-0.3916	1.2505	88.6585	37.3105	115.7012
3	6.9679	-5.1942	-3.8637	-0.779	-3.8097	8.2738	-0.8201	-0.1423	-1.3271	-0.2242	0.6645	0.4587	-0.0698	-1.8218	0.1556	2.4315	-0.703	-0.2255	1.4061	-0.7633	2.5871	67.5292	21.9275	113.8356
4	17.6583	-2.1202	-1.3068	6.1677	1.1071	12.2308	-0.6435	-0.5549	-1.002	0.0729	0.0233	0.2985	0.8265	-0.7466	0.6202	0.68	-0.1747	0.2866	0.7274	0.1094	0.7474	86.7018	39.7446	159.625
5	7.9122	4.1496	-2.9596	11.5851	-2.8057	12.6722	0.1136	-0.008	0.2703	-1.7373	-0.2829	-0.698	-0.8287	0.8385	0.1693	1.4228	-0.1593	0.3724	0.351	0.0831	0.6438	104.1567	57.4548	126.9101
6	10.5441	-0.9621	-6.2727	10.2595	-1.9376	14.4466	-0.6778	-0.2917	-1.5599	-0.279	-0.0512	-0.7872	0.8235	0.251	0.729	0.9073	0.1037	0.5247	0.5311	0.1636	1.3215	107.3723	35.7516	144.8605
7	13.0109	0.9882	-0.9788	4.9237	1.5852	6.3074	0.1453	0.8204	-0.0148	-0.5297	-0.0902	-1.47	-0.9529	1.8236	-0.055	1.0479	-0.3743	1.1546	1.7911	0.4875	1.7607	131.3815	47.6863	134.1777
8	1.3736	-5.9381	4.3911	2.6316	0.0583	7.4659	0.3136	0.0019	0.1409	1.1393	0.2747	-0.532	0.4088	0.5705	-0.5882	1.5035	-0.7283	0.7542	2.7676	0.3521	2.6653	156.8581	54.0194	133.4906
9	16.2947	0.552	-9.3739	8.402	-3.3176	13.5011	-0.3887	0.1141	-0.2649	-0.9872	0.1477	0.5968	-0.4591	-1.0808	0.241	0.9977	-0.0301	-0.0299	0.4357	-0.0986	0.4949	86.9465	53.612	141.2572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	126 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	396 - 493
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	165 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	494 - 566
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	126 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	91 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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