[日本語] English
万見
- PDB-1w6j: Structure of human OSC in complex with Ro 48-8071 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w6j
タイトルStructure of human OSC in complex with Ro 48-8071
要素LANOSTEROL SYNTHASE
キーワードISOMERASE / CYCLASE / CHOLESTEROL / LANOSTEROL / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / B-OCTYL-GLUCOSIDE / STEROID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lanosterol synthase / lanosterol synthase activity / triterpenoid biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / lipid droplet / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / regulation of protein stability / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #20 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #20 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Special / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / Chem-R71 / Lanosterol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Thoma, R. / Schulz-Gasch, T. / D'Arcy, B. / Benz, J. / Aebi, J. / Dehmlow, H. / Hennig, M. / Ruf, A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Insight Into Steroid Scaffold Formation from the Structure of Human Oxidosqualene Cyclase
著者: Thoma, R. / Schulz-Gasch, T. / D'Arcy, B. / Benz, J. / Aebi, J. / Dehmlow, H. / Hennig, M. / Stihle, M. / Ruf, A.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: The Monotopic Membrane Protein Human Osc is Active as Monomer
著者: Ruf, A. / Muller, F. / D'Arcy, B. / Stihle, M. / Kuznir, E. / Handschin, C. / Morand, O. / Thoma, R.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LANOSTEROL SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9316
ポリマ－83,4071
非ポリマー1,5245
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)189.915, 202.424, 62.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 LANOSTEROL SYNTHASE / OXIDOSQUALENE--LANOSTEROL CYCLASE / OXIDO SQUALENE CYCLASE / 2 / 3-EPOXYSQUALENE--LANOSTEROL CYCLASE / OSC


分子量: 83406.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZB / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P48449, lanosterol synthase
#2: 化合物 ChemComp-R71 / [4-({6-[ALLYL(METHYL)AMINO]HEXYL}OXY)-2-FLUOROPHENYL](4-BROMOPHENYL)METHANONE / Ro 48-8071 / Ro-48-8071


分子量: 448.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27BrFNO2
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES THE CYCLIZATION OF (S)-2,3 OXIDOSQUALENE TO LANOSTEROL, A REACTION THAT FORMS THE STEROL ...CATALYZES THE CYCLIZATION OF (S)-2,3 OXIDOSQUALENE TO LANOSTEROL, A REACTION THAT FORMS THE STEROL NUCLEUS. BELONGS TO THE TERPENE CYCLASE/MUTASE FAMILY.
非ポリマーの詳細(C14) UNIDENTIFIED LIPID FRAGMENT, MODELLED AS LINEAR CARBON CHAIN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化詳細: 25% (W/V) PEG3350 0.4M AMMONIUM ACETATE 0.1M TRIS PH 8.5 10% (V/V) ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92004
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 60002 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2SQC

2sqc


解像度: 2.2→141.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.02 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 3033 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.171 56956 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å20 Å2
2---2.79 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→141.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5824 0 90 416 6330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.9378246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.831312520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2615725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63222.905296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60815949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3451550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.25412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.23128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6451.53704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01525779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3932776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2194.52467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.288 194
Rwork0.23 3984

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る