PDB-1w5s: Structure of the Aeropyrum Pernix ORC2 protein (ADP form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w5s

タイトル

Structure of the Aeropyrum Pernix ORC2 protein (ADP form)

要素

ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2

キーワード

REPLICATION / ORC / CDC6 / DNA REPLICATION INITIATION / DNA BINDING PROTEIN / AAA+ ATPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication origin binding / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

AEROPYRUM PERNIX (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Singleton, M.R. / Morales, R. / Grainge, I. / Cook, N. / Isupov, M.N. / Wigley, D.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Conformational Changes Induced by Nucleotide Binding in Cdc6/Orc from Aeropyrum Pernix
著者: Singleton, M.R. / Morales, R. / Grainge, I. / Cook, N. / Isupov, M.N. / Wigley, D.B.

履歴

登録	2004年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w5s.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w5s.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w5s_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w5s_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	1w5s_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	1w5s_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/1w5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/1w5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nd8-5 6ndd-3 6nd8-4 6ndg-1 6ndf-1 6ndg-5 6ndg-6 6nde-2 6nd8-3 6nd9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2

B: ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2

ヘテロ分子

93.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.495, 101.911, 255.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 2 ORC2 / HYPOTHETICAL PROTEIN APE0152 / ORC2 分子量: 46295.398 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AEROPYRUM PERNIX (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): K1 / 参照: UniProt: Q9YFU8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9599
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9599 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 34887 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 19.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.4→129.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 18.587 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1735	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.216	32664	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→129.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6202	0	74	114	6390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	6377
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.886	1.998	8638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	13978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.279	5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.352	22.979	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.965	15	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.859	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.025	1.5	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.239	2	6272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.178	3	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.195	4.5	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.34	111
R_work	0.233	2417

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5017	1.6196	-0.7681	2.9877	-0.7612	1.7236	-0.0205	0.0155	-0.0928	-0.0195	-0.0223	-0.005	0.1037	0.1518	0.0428	-0.1803	-0.0352	0.005	-0.1211	-0.0111	-0.2119	8.0354	62.5721	46.4406
2	3.9777	1.3819	-1.1816	4.1954	1.6559	4.7965	0.0382	-0.2258	0.2615	0.0595	-0.0565	0.2287	-0.2938	0.0836	0.0183	-0.1497	-0.097	-0.0108	-0.166	-0.0028	-0.1137	14.6343	92.6181	50.8585
3	2.6917	-1.1182	1.4841	4.7042	-1.3772	0.9548	-0.1399	-0.4076	0.1084	0.4192	0.0763	0.2268	-0.5079	-0.0112	0.0635	0.4619	-0.0708	0.0482	0.5559	0.0126	0.4383	40.3569	73.4133	33.9847
4	2.0202	1.558	0.1007	5.3253	-0.787	1.2612	-0.2298	0.0998	0.1162	-0.6019	0.1672	-0.1279	0.0819	0.1169	0.0626	0.0063	-0.0956	0.0034	-0.0949	-0.003	-0.1984	10.4379	73.4356	17.5365
5	5.0939	1.1947	1.135	5.4943	0.0633	3.1664	-0.1042	0.2966	0.1877	-0.5715	0.1273	0.5838	0.0189	-0.2505	-0.0231	-0.0512	-0.1181	-0.067	-0.1261	0.043	-0.0753	-14.9923	55.9226	16.0508
6	5.7721	-0.4789	0.3508	7.4073	-1.4093	3.899	0.0481	0.1259	-0.0211	0.0476	-0.1273	0.316	-0.0203	-0.0456	0.0793	-0.0451	-0.0495	-0.0051	-0.0396	-0.0453	-0.0564	18.1238	39.7772	12.7796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	215 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	300 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	7 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	215 - 296
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	300 - 409

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