PDB-1w4v: structure of the oxidised form of human thioredoxin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w4v

タイトル

structure of the oxidised form of human thioredoxin 2

要素

THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN / ANTIOXIDANT ENZYME / MITOCHONDRION / ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / Degradation of cysteine and homocysteine / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to nutrient levels / protein-disulfide reductase activity / response to axon injury / response to glucose / cell redox homeostasis / response to hormone ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Smeets, A. / Evrard, C. / Declercq, J.P.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Oxidized and Reduced Forms of Human Mitochondrial Thioredoxin 2.
著者: Smeets, A. / Evrard, C. / Landtmeters, M. / Marchand, C. / Knoops, B. / Declercq, J.P.

履歴

登録	2004年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w4v.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w4v.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w4v_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w4v_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	1w4v_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	1w4v_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/1w4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uvzSC 1w89C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w89-1 38 1w89-2 1uvz-3 1w89-3 1kza-d 2f51-d 1uvz-1 4lge-d 6k0l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (5) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (5)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (4)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

B: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

C: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

D: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

E: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

F: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

79.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

B: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

D: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

F: THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.060, 49.140, 78.710
Angle α, β, γ (deg.)	87.75, 82.77, 79.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.18804, -0.98213, 0.00733), (-0.98215, 0.18806, 0.00345), (-0.00477, -0.00655, -0.99997)	61.36439, 50.73463, 75.04037
2	given	(0.87441, -0.37925, -0.30262), (-0.38067, -0.92297, 0.05676), (-0.30083, 0.06557, -0.95142)	24.50591, 64.28873, 67.63113
3	given	(0.1377, -0.9589, 0.2481), (0.99037, 0.12957, -0.04888), (0.01472, 0.25244, 0.9675)	42.30188, -1.8223, -19.69132
4	given	(-0.99826, 0.05888, -0.00014), (0.0569, 0.96411, -0.25935), (-0.01514, -0.25891, -0.96578)	55.53374, 9.29175, 94.42096
5	given	(0.19771, 0.98007, -0.01942), (-0.91825, 0.19211, 0.34627), (0.3431, -0.05063, 0.93793)	-4.62847, 37.11396, 5.54049

#1: タンパク質	THIOREDOXIN, MITOCHONDRIAL / MT-TRX / THIOREDOXIN 2 分子量: 13288.154 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUE 60-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (PREP4) / 参照: UniProt: Q99757
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THIOREDOXIN POSSESSES A DITHIOL-REDUCING ACTIVITY.
配列の詳細	AMINO ACID NUMBERING STARTS AT THR1 WHICH IS THE FIRST AMINO ACID OF THE PROCESSED PROTEIN WITHOUT ...AMINO ACID NUMBERING STARTS AT THR1 WHICH IS THE FIRST AMINO ACID OF THE PROCESSED PROTEIN WITHOUT ITS MITOCHONDRIAL PRESEQUENCE. THUS, THR1 CORRESPONDS TO THR60 OF Q99757.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	pH: 4.6 詳細: PEG 3350 22% (W/V) NA ACETATE 0.1M (PH 4.6) AMMONIUM SULFATE 0.2M DTT 1MM. SOAKING IN A H2O2 SOLUTION 1MM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979909
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月14日 / 詳細: M1 AND M2 MIRRORS
放射	モノクロメーター: FLAT AND N2 COOLED AND SAGITTALY BENT プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979909 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 65984 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.22 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.67
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.45 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UVZ

1uvz

解像度: 1.8→19.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.158 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3368	5.1 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	62615	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0.02 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5074	0	0	763	5837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.947	1.956	7005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.373	3	11010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.919	5	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.212	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.326	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.108	1.5	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.665	2	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.456	3	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.925	4.5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.294	259
R_work	0.218	4614

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3226	-0.068	-0.4131	1.1026	0.9081	3.7261	-0.0054	-0.1595	0.0204	0.0363	-0.0461	0.0446	0.0007	-0.0957	0.0514	0.0535	-0.0097	0.0346	0.0921	0.0388	0.0449	42.061	14.565	52.892
2	1.1826	0.046	0.5803	1.0288	-0.4371	2.3049	0.0109	0.0855	-0.0185	-0.1046	0.0345	0.0285	-0.0529	0.0626	-0.0454	0.0932	-0.0027	0.0368	0.0332	0.0149	0.0451	39.544	12.897	21.533
3	0.8923	0.8551	0.1716	3.4953	1.1898	0.515	-0.0992	0.1397	0.105	-0.2329	0.0758	0.1101	-0.2033	-0.0837	0.0234	0.2497	-0.0022	-0.0181	0.1073	0.0507	0.0779	39.288	38.099	5.619
4	0.6402	0.1459	0.2188	2.1877	-0.7845	8.1188	0.2174	0.0055	0.0303	0.0993	0.0797	0.0066	0.3088	0.039	-0.297	0.2838	-0.0009	0.0029	0.1341	0.0603	0.2254	47.63	38.292	35.543
5	2.1267	-0.0126	-0.571	0.7295	-0.4201	2.4375	-0.0174	-0.1453	0.0264	-0.0528	-0.0692	-0.0516	-0.0591	0.1673	0.0866	0.0806	-0.0019	0.0425	0.1609	0.0355	0.0935	14.854	12.206	38.474
6	3.3231	0.0581	-0.5087	0.3586	-0.1219	0.9022	0.0659	-0.4418	0.2077	0.069	0.0559	-0.0319	-0.0932	0.1712	-0.1217	0.1063	0.0038	0.0392	0.2696	-0.0324	0.0525	17.399	20.282	68.507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	98 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	98 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	101 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	99 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	98 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	100 - 107

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