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万見
- PDB-1w4u: NMR solution structure of the ubiquitin conjugating enzyme UbcH5B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w4u
タイトルNMR solution structure of the ubiquitin conjugating enzyme UbcH5B
要素UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2
キーワードLIGASE / UBIQUITINATION / E2 ENZYME / BL CONJUGATION PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / Peroxisomal protein import / Neddylation ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Downstream TCR signaling / Peroxisomal protein import / Neddylation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Houben, K. / Dominguez, C. / Van Schaik, F.M.A. / Timmers, H.T.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Boelens, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of the Ubiquitin-Conjugating Enzyme Ubch5B
著者: Houben, K. / Dominguez, C. / Van Schaik, F.M.A. / Timmers, H.T.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Boelens, R.
履歴
登録2004年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Atomic model / Other
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7551
ポリマ－16,7551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 2 / UBCH5B / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN


分子量: 16755.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P51669, UniProt: P62837*PLUS, ubiquitin-protein ligase
構成要素の詳細CATALYZES THE COVALENT ATTACHMENT OF UBIQUITIN TO OTHER PROTEINS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 20MM KPI, 150MM KCL, 0.01MM ZNCL2, 10%D2O, UBCH5B 0.3MM
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 7 / 温度: 300.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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