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- PDB-1w31: YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w31
タイトルYEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID COMPLEX
要素DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
キーワードLYASE / DEHYDRATASE / ALDOLASE / TIM BARREL / TETRAPYRROLE SYNTHESIS / HEME BIOSYNTHESIS / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-HYDROXYLAEVULINIC ACID / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Coates, L. / Newbold, R. / Brindley, A.A. / Stauffer, F. / Beaven, G.D.E. / Gill, R. / Wood, S.P. / Warren, M.J. / Cooper, J.B. ...Erskine, P.T. / Coates, L. / Newbold, R. / Brindley, A.A. / Stauffer, F. / Beaven, G.D.E. / Gill, R. / Wood, S.P. / Warren, M.J. / Cooper, J.B. / Shoolingin-Jordan, P.M. / Neier, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase Complexed with the Inhibitor 5-Hydroxylaevulinic Acid
著者: Erskine, P.T. / Coates, L. / Newbold, R. / Brindley, A.A. / Stauffer, F. / Beaven, G.D.E. / Gill, R. / Coker, A. / Wood, S.P. / Warren, M.J. / Shoolingin-Jordan, P.M. / Neier, R. / Cooper, J.B.
履歴
登録2004年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9693
ポリマ－37,7851
非ポリマー1842
水4,846269
1
A: DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,75024
ポリマ－302,2818
非ポリマー1,46816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.570, 102.570, 168.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE / 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE / ALADH


分子量: 37785.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: NS1(JM109/PNS1) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05373, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-SHO / 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID / 5-HYDROXYPENTANOIC ACID / 5-ヒドロキシ吉草酸


分子量: 118.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ENZYME CONCENTRATION 1 MG/ML, PH 7.0 - 8.5, BUFFER 0.2 M TRIS-HCL, PRECIPITANT PEG 6000 (<10%), 70 MICROMOLAR ZINC SULPHATE, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, HANGING DROPS AS FOR PDB ENTRY 1AW5 WITH 10 MM 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID IN DROP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.911662
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.911662 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49 Å / Num. obs: 1067852 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
RESTRAIN精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YLV

1ylv


解像度: 1.9→44.28 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 --RANDOM
Rwork0.1895 ---
all-33934 --
obs--100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 9 269 2915
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1895 / Rfactor Rfree: 0.2493 / Rfactor Rwork: 0.1895
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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