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- PDB-1w2s: Solution structure of CR2 SCR 1-2 in its complex with C3d by X-ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2s
タイトルSolution structure of CR2 SCR 1-2 in its complex with C3d by X-ray scattering
要素
  • COMPLEMENT C3 PRECURSOR
  • COMPLEMENT RECEPTOR TYPE 2 PRECURSOR,
キーワードIMMUNE SYSTEM / X-RAY SCATTERING / ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION / COMPLEMENT / THROMBOSPONDIN TYPE I REPEATS / CONSTRAINED MODELLING / GLYCOPROTEIN / IMMUNOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


complement receptor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance ...complement receptor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of C3 and C5 / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / type I interferon-mediated signaling pathway / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / B cell activation / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / B cell differentiation / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / receptor complex / receptor ligand activity / inflammatory response / immune response / symbiont entry into host cell / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / : / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 ...: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / : / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / Complement receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液散乱
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B
データ登録者Gilbert, H.E. / Hannan, J.P. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of the Complex between Cr2 Scr 1-2 and C3D of Human Complement: An X-Ray Scattering and Sedimentation Modelling Study.
著者: Gilbert, H.E. / Eaton, J.T. / Hannan, J.P. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2004年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT C3 PRECURSOR
B: COMPLEMENT RECEPTOR TYPE 2 PRECURSOR,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9912
ポリマ－49,9912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT C3 PRECURSOR / C3D / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 34379.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 COMPLEMENT RECEPTOR TYPE 2 PRECURSOR, / CR2 SCR 1-2 / COMPLEMENT C3D RECEPTOR / EPSTEIN-BARR VIRUS RECEPTOR / EBV RECEPTOR / CD21 ANTIGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15611.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P20023

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

Soln scatter
タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource classSource type温度 (K)
x-ray110 MM HEPES, 50 MM NACL0.4-4.3MULTICCDFRELON CCD CAMERA2.440.119YESRF BEAMLINE ID02288
modelling2

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解析

ソフトウェア名称: INSIGHT / バージョン: II 98 / 分類: 精密化
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数449 0 0 0 449
Soln scatter modelNum. of conformers submitted: 6 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: MSI / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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