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- PDB-1w2b: Trigger Factor ribosome binding domain in complex with 50S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2b
タイトルTrigger Factor ribosome binding domain in complex with 50S
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 26
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 2
  • 23S RRNA
  • 5S RRNA
  • TRIGGER FACTOR
キーワードRIBOSOME / RIBOSOME_ASSOCIATED FACTORS / CHAPERONE / NASCENT CHAIN / COTRANSLATIONAL FOLDING / RNA-BINDING / RIBOSOMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / protein unfolding / : / protein folding chaperone / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase ...'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / protein unfolding / : / protein folding chaperone / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein transport / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / response to heat / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein L31e; Chain: W; / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3; domain 3 / Ribosomal protein L3, domain 3 / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #10 / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal Protein L4; Chain: A; / Ribosomal protein L4/L1 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Trigger factor/SurA domain superfamily / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / : / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / : / N-terminal domain of TfIIb / Helix-hairpin-helix domain / Translation factors / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L2, archaeal-type / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L23 / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / metallochaperone-like domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / TRASH domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein uL22 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Trigger factor / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ferbitz, L. / Maier, T. / Patzelt, H. / Bukau, B. / Deuerling, E. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
著者: Ferbitz, L. / Maier, T. / Patzelt, H. / Bukau, B. / Deuerling, E. / Ban, N.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "JC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "JC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S RRNA
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L39E
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E LA, HLA, RIBOSOMAL PROTEIN L44E
5: TRIGGER FACTOR
9: 5S RRNA
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4P
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P HMAL5, HL13, RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E
H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15E
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P HMAL22, HL23, RIBOSOMAL PROTEIN L22
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P
S: RIBOSOMAL PROTEIN L24
T: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E
V: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E
X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37AE
Z: RIBOSOMAL PROTEIN L37E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,473,992263
ポリマ－1,467,75131
非ポリマー6,241232
水142,0847887
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)210.746, 298.871, 574.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 09

#1: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#5: RNA鎖 5S RRNA


分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 26種, 26分子 12ABCDEFGHIJKLMNOPQRTUVWXY

#2: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L39E / HL39E / HL46E / RIBOSOMAL PROTEIN L39E


分子量: 5844.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P22452
#3: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E LA, HLA, RIBOSOMAL PROTEIN L44E


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P32411
#6: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P / RIBOSOMAL PROTEIN L2 / HMAL2 / HL4


分子量: 25237.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P20276
#7: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P / HMAL3 / HL1 / RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 37265.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P20279
#8: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4P / RIBOSOMAL PROTEIN L4 / HMAL4 / HL6


分子量: 26442.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12735
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P HMAL5, HL13, RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14124
#10: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P / RIBOSOMAL PROTEIN L6 / HMAL6 / HL10


分子量: 19830.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14135
#11: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE / HS6 / RIBOSOMAL PROTEIN L10


分子量: 12600.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12743
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E / RIBOSOMAL PROTEIN L10 / ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 HOMOLOG / L10E / HMAL10


分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P15825
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E / RIBOSOMAL PROTEIN L10E


分子量: 18022.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P60617
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P / RIBOSOMAL PROTEIN L13 / HMAL13


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P29198
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P / RIBOSOMAL PROTEIN L14 / HMAL14 / HL27


分子量: 14216.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P22450
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P / RIBOSOMAL PROTEIN L15 / HMAL15 / HL9


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12737
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15E


分子量: 22856.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P60618
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P / RIBOSOMAL PROTEIN L18 / HMAL18 / HL12


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14123
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E / HL29 / L19 / RIBOSOMAL PROTEIN L18E


分子量: 12307.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12733
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E / HMAL19 / HL24 / RIBOSOMAL PROTEIN L19E


分子量: 16631.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14119
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E / HL31 / RIBOSOMAL PROTEIN L21E


分子量: 10436.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12734
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P HMAL22, HL23, RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 16835.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10970
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P / HMAL23 / HL25 / L21 / RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12732
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P / HMAL24 / HL16 / HL15 / RIBOSOMAL PROTEIN L24P


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14116
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E / RIBOSOMAL PROTEIN L24E / HL21/HL22


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10971
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P / HMAL30 / HL20 / HL16 RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14121
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E / RIBOSOMAL PROTEIN L31E / L34 / HL30


分子量: 10253.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P18138
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E / RIBOSOMAL PROTEIN L32E / HL5


分子量: 26324.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12736
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37AE


分子量: 8097.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P60619

-
タンパク質 , 1種, 1分子 5

#4: タンパク質 TRIGGER FACTOR


分子量: 15837.027 Da / 分子数: 1
Fragment: N-TERMINAL RIBOSOME BINDING FRAGMENT, RESIDUES 1-144
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 147989, UniProt: P0A850*PLUS

-
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 2種, 2分子 SZ

#24: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10972
#31: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37E / L35E


分子量: 6199.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P32410

-
非ポリマー , 6種, 8119分子

#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#33: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#34: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#35: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#36: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#37: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細NUMBERING OF L23P DIFFERS FROM THE GENE DERIVED SEQUENCE BY 1 BECAUSE OF THE MISSING INITIAL ...NUMBERING OF L23P DIFFERS FROM THE GENE DERIVED SEQUENCE BY 1 BECAUSE OF THE MISSING INITIAL METHIONINE (BASED ON PDB ENTRY 1JJ2). ONLY RESIDUES 25-59 OF THE TRIGGER FACTOR FRAGMENT 1-144 HAVE WELL DEFINED ELECTRON DENSITY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化詳細: PEG 6000, KCL, NH4CL, MGCL2, CDCL2, POTASSIUM ACETATE, TRIS-MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 241873 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JJ2

1jj2


解像度: 3.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1775 0.8 %
Rwork0.192 --
obs0.192 181663 80.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å20 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29123 61617 232 7887 98859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 191 1 %
Rwork0.307 18513 -
obs--49.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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