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- PDB-1w25: Response regulator PleD in complex with c-diGMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w25
タイトルResponse regulator PleD in complex with c-diGMP
要素STALKED-CELL DIFFERENTIATION CONTROLLING PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / TWO-COMPONENT SYSTEM / GGDEF DOMAIN / CYCLIC DINUCLEOTIDE / CYCLIC-DIGMP / ALLOSTERIC PRODUCT INHIBITION / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / cell differentiation / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Response regulator PleD / Response regulator PleD
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chan, C. / Schirmer, T. / Jenal, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of Activity and Allosteric Control of Diguanylate Cyclase
著者: Chan, C. / Paul, R. / Samoray, D. / Amiot, N. / Giese, B. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2004年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.date_of_sf_release / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET SHEET C OF CHAINS A AND B IS EXTENDED BY 2 ADDITIONAL SHORT BETA-STRANDS (CALLED BETA0 AND ... SHEET SHEET C OF CHAINS A AND B IS EXTENDED BY 2 ADDITIONAL SHORT BETA-STRANDS (CALLED BETA0 AND BETA0PRIME) AT THE EDGE FORMED BY STRAND 1 IN CHAIN A: IN CHAIN B: 0 VAL A 290 ASP A 292 0 VAL B 290 ASP B 292 0' LEU A 297 ASN A 299 0' LEU B 297 ASN B 299

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STALKED-CELL DIFFERENTIATION CONTROLLING PROTEIN
B: STALKED-CELL DIFFERENTIATION CONTROLLING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,34310
ポリマ－100,7772
非ポリマー3,5668
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-17.6 kcal/mol
Surface area42390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.870, 135.870, 169.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL1AA2 - 1161 - 115
21SERSERVALVAL1BB2 - 1161 - 115
12SERSERGLUGLU2AA118 - 163117 - 162
22SERSERGLUGLU2BB118 - 163117 - 162
13GLNGLNGLNGLN3AA165 - 167164 - 166
23GLNGLNGLNGLN3BB165 - 167164 - 166
14VALVALALAALA4AA169 - 403168 - 402
24VALVALALAALA4BB169 - 403168 - 402
15GLYGLYHISHIS5AA405 - 455404 - 454
25GLYGLYHISHIS5BB405 - 455404 - 454
16MGMGMGMG6AD500
26MGMGMGMG6BH500
17C2EC2EC2EC2E1AF - G503 - 505
27C2EC2EC2EC2E1BI - J503 - 505

-
要素

#1: タンパク質 STALKED-CELL DIFFERENTIATION CONTROLLING PROTEIN / DIGUANYLATE CYCLASE


分子量: 50388.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
株: CB15 / プラスミド: PCF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q9A5I5, UniProt: B8GZM2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE N-TERMINAL REGION IS SIMILAR TO THAT OF OTHER REGULATORY COMPONENTS OF SENSORY TRANSDUCTION SYSTEMS.
配列の詳細MET1 HAS BEEN CLEAVED OFF. 6 HISTIDINES HAVE BEEN ADDED TO THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. FOR THIS, PLED AT A NOMINAL CONCENTRATION OF 10 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 100 MM NACL, 1 MM DTT, 2 MM ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. FOR THIS, PLED AT A NOMINAL CONCENTRATION OF 10 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 100 MM NACL, 1 MM DTT, 2 MM MGCL2 AND 0.8 MM C-DIGMP6 WAS MIXED WITH THE RESERVOIR (1.0 M GLYCINE PH 9.2, 2 % DIOXANE, 14.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 20K) AT A RATIO 1 TO 1.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlPleD1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.0
3100 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
52 mM1dropMgCl2
60.8 mMc-diGMP1drop
71.0 Mglycine1reservoirpH9.2
82 %dioxane1reservoir
914.5 %PEG200001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60.86 Å / Num. obs: 43706 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.42
反射 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / 冗長度: 5.48 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 42707 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
TRUNCATEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 20.488 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS ATOMS REFINED WITH WITH AN OCCUPANCY OF 0.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2202 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 41469 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6962 0 233 15 7210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2112.0059492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.773315110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5865866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95623.133300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4151172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9451578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.26396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24318
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2950.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1291.55624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.181.51778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30726940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41633030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7064.52552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2105tight positional0.020.05
2B2105tight positional0.020.05
1A4077medium positional0.180.5
2B4077medium positional0.180.5
1A410loose positional0.325
2B410loose positional0.325
1A2105tight thermal0.050.5
2B2105tight thermal0.050.5
1A4077medium thermal0.242
2B4077medium thermal0.242
1A410loose thermal0.7310
2B410loose thermal0.7310
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.363 165
Rwork0.345 2978
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15950.1683-0.61711.625-0.21041.6217-0.0188-0.2296-0.06140.15390.01310.08290.0048-0.05880.00570.08560.03110.0052-0.0251-0.0440.3004101.99111.7655.452
22.03420.06790.25642.17320.09731.5335-0.0572-0.18310.06330.30790.0161-0.2486-0.13650.11210.04110.16050.0421-0.0459-0.03860.02660.3066100.42448.64852.774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 455
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION1A503 - 505
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 455
5X-RAY DIFFRACTION2B500
6X-RAY DIFFRACTION2B503 - 505
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.77 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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