+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w18 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of levansucrase from Gluconacetobacter diazotrophicus | ||||||
![]() | LEVANSUCRASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / FRUCTOSYL TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez-Fleites, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Pons, T. / Tarbouriech, N. / Taylor, E.J. / Hernandez, L. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Levansucrase from the Gram- Negative Bacterium Gluconacetobacter Diazotrophicus. 著者: Martinez-Fleites, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Pons, T. / Tarbouriech, N. / Taylor, E.J. / Arrieta, J.G. / Hernandez, L. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 159.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 393.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 408.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1oygS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99944, 0.03243, 0.0077), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53977.125 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 62-554 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: SRT4 / 参照: UniProt: Q43998, levansucrase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.5M AS, 30% ETHANOL, 0.1M NA-CITRATE PH5.6, pH 5.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→51.98 Å / Num. obs: 48568 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OYG 解像度: 2.5→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 21.154 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.33 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→105.41 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|