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- PDB-1w0f: Crystal structure of human cytochrome P450 3A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w0f
タイトルCrystal structure of human cytochrome P450 3A4
要素CYTOCHROME P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIFEDIPINE OXIDASE / CYTOCHROME P450 / ELECTRON TRANSPORT / MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Atorvastatin ADME / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROGESTERONE / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Williams, P.A. / Cosme, J. / Vinkovic, D.M. / Ward, A. / Angove, H.C. / Day, P.J. / Vonrhein, C. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of Human Cytochrome P450 3A4 Bound to Metyrapone and Progesterone
著者: Williams, P.A. / Cosme, J. / Vinkovic, D.M. / Ward, A. / Angove, H.C. / Day, P.J. / Vonrhein, C. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
履歴
登録2004年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4123
ポリマ－55,4811
非ポリマー9312
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.410, 101.510, 128.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2019-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 3A4 / QUININE 3-MONOOXYGENASE / CYPIIIA4 / NIFEDIPINE OXIDASE / NF-25 / P450-PCN1


分子量: 55481.480 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 24-502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 BLUE
参照: UniProt: P08684, EC: 1.14.13.67, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N TERMINUS TRUNCATED. THE CONFLICT SHOWN BELOW HAS HAS BEEN DESRCRIBED BY GONZALEZ ET AL., DNA VOL: ...N TERMINUS TRUNCATED. THE CONFLICT SHOWN BELOW HAS HAS BEEN DESRCRIBED BY GONZALEZ ET AL., DNA VOL: 7, PAGES 79-86, 1998.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 HEPES PH 7.5, 0.25M KCL, 12% PEG 4000, 5% MPD, 0.025M C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→65 Å / Num. obs: 14804 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W0E

1w0e


解像度: 2.65→65 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 262 - 268 HAD DIFFUSE ELECTRON DENSITY AND ARE OMITTED FROM THIS SET OF COORDINATES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3032 739 5 %RANDOM
Rwork0.2392 ---
obs-14651 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.011 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 66 47 3794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.478
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.567
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.899
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.857
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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