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万見
- PDB-1vyv: beta4 subunit of Ca2+ channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyv
タイトルbeta4 subunit of Ca2+ channel
要素CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION TRANSPORT-COMPLEX / CALCIUM CHANNEL BETA SUBUNIT / AID DOAMIN / ION TRANSPORT / IONIC CHANNEL / VOLTAGE-GATED CHANNEL / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of protein localization to nucleolus / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / high voltage-gated calcium channel activity / cAMP metabolic process / Peyer's patch development / muscle cell development / neuronal action potential propagation ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of protein localization to nucleolus / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / high voltage-gated calcium channel activity / cAMP metabolic process / Peyer's patch development / muscle cell development / neuronal action potential propagation / nervous system process / adult walking behavior / voltage-gated calcium channel complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / voltage-gated calcium channel activity / spleen development / cellular response to leukemia inhibitory factor / thymus development / regulation of membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / calcium ion transport / presynapse / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Y.-H. / Li, M.-H. / Zhang, Y. / He, L.-L. / Yamada, Y. / Fitzmaurice, A. / Yang, S. / Zhang, H. / Liang, T. / Yang, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of the Alpha(1)-Beta Subunit Interaction of Voltage-Gated Ca(2+) Channels
著者: Chen, Y.-H. / Li, M.-H. / Zhang, Y. / He, L.-L. / Yamada, Y. / Fitzmaurice, A. / Shen, Y. / Zhang, H. / Tong, L. / Yang, J.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT
B: CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7522
ポリマ－80,7522
非ポリマー00
水00
1
A: CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3761
ポリマ－40,3761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3761
ポリマ－40,3761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.300, 83.200, 72.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM CHANNEL BETA-4SUBUNIT


分子量: 40376.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D4A055*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細GENBANK CONTAINS A NON TRANSLATED DNA SEQUENCE FOR THIS ENTRY HENCE THE SEQUENCE WAS MAPPED TO ITSELF.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: 20 MM NA-HEPES PH 7.2, 250 MM NACL AND 5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791
検出器日付: 2004年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 47712 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GCOMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VYU

1vyu


解像度: 3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1373 10 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 13771 88.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.65 Å20 Å27.29 Å2
2---4.51 Å20 Å2
3---0.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4361 0 0 0 4361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.122.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 123 9.8 %
Rwork0.371 1130 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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