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- PDB-1vyq: Novel inhibitors of Plasmodium Falciparum dUTPase provide a platf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyq
タイトルNovel inhibitors of Plasmodium Falciparum dUTPase provide a platform for anti-malarial drug design
要素DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DRUG DESIGN / PLASMODIUM FALCIPARUM / DUTPASE / DEOXYURIDINE NUCLEOTIDOHYDROLASE / MALARIA
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / DNA replication / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DEOXY-3-FLUORO-5-O-TRITYLURIDINE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Whittingham, J.L. / Leal, I. / Kasinathan, G. / Nguyen, C. / Bell, E. / Jones, A.F. / Berry, C. / Benito, A. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. ...Whittingham, J.L. / Leal, I. / Kasinathan, G. / Nguyen, C. / Bell, E. / Jones, A.F. / Berry, C. / Benito, A. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Ruiz Perez, L.M. / Wilkinson, A.J. / Johansson, N.G. / Brun, R. / Gilbert, I.H. / Gonzalez Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Dutpase as a Platform for Antimalarial Drug Design: Structural Basis for the Selectivity of a Class of Nucleoside Inhibitors.
著者: Whittingham, J.L. / Leal, I. / Nguyen, C. / Kasinathan, G. / Bell, E. / Jones, A.F. / Berry, C. / Benito, A. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Ruiz Perez, L.M. / Wilkinson, A.J. / ...著者: Whittingham, J.L. / Leal, I. / Nguyen, C. / Kasinathan, G. / Bell, E. / Jones, A.F. / Berry, C. / Benito, A. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Ruiz Perez, L.M. / Wilkinson, A.J. / Johansson, N.G. / Brun, R. / Gilbert, I.H. / Gonzalez Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
B: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
C: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2276
ポリマ－58,8103
非ポリマー1,4183
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.830, 62.830, 121.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / DUTP PYROPHOSPHATASE


分子量: 19603.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR COMPLEX
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: PET11PFDUT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8II92, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DUX / 2,3-DEOXY-3-FLUORO-5-O-TRITYLURIDINE / 1-{(2S,5S)-4-FLUORO-5-[(TRITYLOXY)METHYL]TETRAHYDROFURAN-2-YL}PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE


分子量: 472.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25FN2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.1
詳細: 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION CONTAINING 3-FOLD EXCESS OF INHIBITOR. 0.1 M HEPES PH 7.1, 25% W/W PEG-MME 2000, 0.8 M SODIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 18324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MQ7

1mq7


解像度: 2.4→40 Å / SU B: 10.347 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.318
詳細: ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY WERE REMOVED DURING PDB DEPOSITION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 934 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.196 18324 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3103 0 105 119 3327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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