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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vwt | ||||||
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タイトル | T STATE HUMAN HEMOGLOBIN [ALPHA V96W], ALPHA AQUOMET, BETA DEOXY | ||||||
要素 | (HEMOGLOBIN) x 2 | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / HUMAN / MUTANT / ALPHA-(V96W) / DEOXY / DEOXY HEMOGLOBIN / MET HEMOGLOBIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Puius, Y.A. / Zou, M. / Ho, N.T. / Ho, C. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Novel water-mediated hydrogen bonds as the structural basis for the low oxygen affinity of the blood substitute candidate rHb(alpha 96Val-->Trp). 著者: Puius, Y.A. / Zou, M. / Ho, N.T. / Ho, C. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: A Novel Low Oxygen Affinity Recombinant Hemoglobin (Alpha96Val--> Trp): Switching Quaternary Structure without Changing the Ligation State 著者: Kim, H.W. / Shen, T.J. / Sun, D.P. / Ho, N.T. / Madrid, M. / Ho, C. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Production of Unmodified Human Adult Hemoglobin in Escherichia Coli 著者: Shen, T.J. / Ho, N.T. / Simplaceanu, V. / Zou, M. / Green, B.N. / Tam, M.F. / Ho, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vwt.cif.gz | 128.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vwt.ent.gz | 101.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vwt_validation.pdf.gz | 668.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vwt_full_validation.pdf.gz | 675.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vwt_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vwt_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/1vwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/1vwt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15237.433 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A, C, V96W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA AQUOMET, BETA DEOXY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A, C, V96W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA AQUOMET, BETA DEOXY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 39687 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / % possible all: 75.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1DXU 解像度: 1.9→25 Å / σ(F): 0 / 詳細: ISOTROPIC SOLVENT MASK /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 10 /
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