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- PDB-1vub: CCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vub
タイトルCCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI
要素CCDB
キーワードPLASMID / CCDB / TOPOISOMERASE POISON / PLASMID ADDICTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / toxin-antitoxin complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin CcdB / CcdB protein / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahasi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
著者: Loris, R. / Dao-Thi, M.H. / Bahassi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCDB
B: CCDB
C: CCDB
D: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0288
ポリマ－46,8864
非ポリマー1424
水66737
1
A: CCDB
B: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5144
ポリマ－23,4432
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
2
C: CCDB
D: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5144
ポリマ－23,4432
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
3
A: CCDB
B: CCDB
ヘテロ分子

A: CCDB
B: CCDB
ヘテロ分子

C: CCDB
D: CCDB
ヘテロ分子

C: CCDB
D: CCDB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,05616
ポリマ－93,7728
非ポリマー2848
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation4_564y+1/2,-x+3/2,z-1/21
crystal symmetry operation5_655-x+3/2,y+1/2,-z+1/21
Buried area17690 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area31910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.520, 104.520, 88.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.995817, 0.090338, -0.013681), (0.090457, -0.995865, 0.008378), (-0.012868, -0.00958, -0.999871)-6.53812, 144.88853, 1.55263
2given(0.996645, 0.081556, 0.006934), (-0.081434, 0.996546, -0.016286), (-0.008238, 0.015667, 0.999843)-6.65264, 59.42231, -43.6895
3given(0.984493, 0.175371, -0.004303), (0.175391, -0.984488, 0.004616), (-0.003427, -0.005299, -0.99998)-7.35918, 85.08093, 44.035

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要素

#1: タンパク質
CCDB


分子量: 11721.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MS501 / 遺伝子: CCDB / プラスミド: PULB2250 / 遺伝子 (発現宿主): CCDB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MS501 / 参照: UniProt: P62554
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Dao-Thi, M.H., (1997) Acta Crystallog. sect D., 54, 975.
PH range low: 8.5 / PH range high: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16.0-12.0 mg/mlprotein1drop
20.8-2.0 Mammonium sulfate1drop
30-2 %agarose1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→10 Å / Num. obs: 101106 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.82 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 77.6
反射
*PLUS
Num. obs: 14825 / Num. measured all: 101106 / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.6 % / Rmerge(I) obs: 0.333

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PRELIMINARY MIR MODEL IN DIFFERENT CRYSTAL FORM

解像度: 2.6→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1176 8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 14825 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 4 37 3225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.518
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.19
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.372
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3312 106 8 %
Rwork0.26 1308 -
obs--77.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.198
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.372
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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