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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vtv | ||||||||||||||||||
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タイトル | Molecular structure of (M5DC-DG)3: The role of the methyl group on 5-methyl cytosine in stabilizing Z-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Fujii, S. / Wang, A.H.-J. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. | ![]() ![]() タイトル: Molecular Structure of (m5dC-dG)3: The Role of the Methyl Group on 5-Methyl Cytosine in Stabilizing Z-DNA 著者: Fujii, S. / Wang, A.H.-J. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 328.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 343.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THESE PHOSPHATES ARE DISORDERED. |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1852.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 265 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 4208 / Observed criterion σ(I): 1.5 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.3 Å / σ(I): 1.5 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å
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