PDB-1vti: DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURES OF D(TGATCA) COMPLE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vti

タイトル

DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURES OF D(TGATCA) COMPLEXED WITH DAUNOMYCIN

要素

DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG

機能・相同性

DAUNOMYCIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Nunn, C.M. / Van Meervelt, L. / Zhang, S. / Moore, M.H. / Kennard, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: DNA-Drug Interactions: The Crystal Structures of d(TGTACA) and d(TGATCA) Complexed with Daunomycin
著者: Nunn, C.M. / Van Meervelt, L. / Zhang, S. / Moore, M.H. / Kennard, O.

履歴

登録	1992年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vti.cif.gz	16.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vti.ent.gz	9.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vti_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vti_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	1vti_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	1vti_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vthC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vth-1 1d11-1 1imr-1 235d-1 1ims-1 151d-1 1r68-1 1d54-1 278d-1 152d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

2.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.110, 28.110, 52.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(TPGPTPAPCPA)-3') 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN 分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K

溶液の組成

ID	濃度	名称	Crystal-ID	詳細	Sol-ID	Volume (Å³)
1	2	WATER	1	3	1	1
2	5	MPD	1	6	1	4
3	8	MG ACETATE	1	9	1	7
4	11	SPERMINE_HCL	1	12	1	10
5	14	NA CACODYLATE	1	15	1	13
6	17	WATER	1	18	2	16
7	20	MPD	1	21	2	19

-
データ収集

回折	平均測定温度: 275 K
検出器	タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 2626 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.26	1885

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	38	52	210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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