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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vth | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURES OF D(TGTACA) COMPLEXED WITH DAUNOMYCIN | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Nunn, C.M. / Van Meervelt, L. / Zhang, S. / Moore, M.H. / Kennard, O. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: DNA-Drug Interactions: The Crystal Structures of d(TGTACA) and d(TGATCA) Complexed with Daunomycin 著者: Nunn, C.M. / Van Meervelt, L. / Zhang, S. / Moore, M.H. / Kennard, O. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: DNA-Drug Interactions: The Crystal Structure of d(CGATCG) Complexed with Daunomycin 著者: Moore, M.H. / Hunter, W.N. / D'Estaintot, B.L. / Kennard, O. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vth.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vth.ent.gz | 8.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vth_validation.pdf.gz | 421.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vth_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vth_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vth_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 4852 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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