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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vtg | ||||||
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タイトル | THE MOLECULAR STRUCTURE OF A DNA-TRIOSTIN A COMPLEX | ||||||
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![]() | DNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | TRIOSTIN A / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wang, A.H.-J. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Hakoshima, T. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The molecular structure of a DNA-triostin A complex. 著者: Wang, A.H. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Hakoshima, T. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1985 タイトル: A comparison of the structure of echinomycin and triostin A complexed to a DNA fragment. 著者: Ughetto, G. / Wang, A.H. / Quigley, G.J. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. #2: ![]() タイトル: Interactions of quinoxaline antibiotic and DNA: the molecular structure of a triostin A-d(GCGTACGC) complex. 著者: Wang, A.H. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Rich, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE ...詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 由来: (合成) ![]() | ||
#3: 化合物 | ![]() 詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE ...詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 参照: TRIOSTIN A 構成要素の詳細 | TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ...TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIP | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 257 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 2995 / Observed criterion σ(I): 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.189 / 最高解像度: 1.67 Å 詳細: COORDINATES ARE REPORTED IN THE JRNL REFERENCE PAPER AS A COMPARISON. | ||||||||||||
Refine Biso | クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.67 Å
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