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- PDB-1vtg: THE MOLECULAR STRUCTURE OF A DNA-TRIOSTIN A COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtg
タイトルTHE MOLECULAR STRUCTURE OF A DNA-TRIOSTIN A COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
  • triostin A
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性TRIOSTIN A / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Wang, A.H.-J. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Hakoshima, T. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1984
タイトル: The molecular structure of a DNA-triostin A complex.
著者: Wang, A.H. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Hakoshima, T. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1985
タイトル: A comparison of the structure of echinomycin and triostin A complexed to a DNA fragment.
著者: Ughetto, G. / Wang, A.H. / Quigley, G.J. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A.
#2: ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 1986
タイトル: Interactions of quinoxaline antibiotic and DNA: the molecular structure of a triostin A-d(GCGTACGC) complex.
著者: Wang, A.H. / Ughetto, G. / Quigley, G.J. / Rich, A.
履歴
登録1988年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42018年10月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: triostin A
B: 2-CARBOXYQUINOXALINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9534
ポリマ－2,6042
非ポリマー3482
水00
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: triostin A
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: triostin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9058
ポリマ－5,2084
非ポリマー6974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.350, 62.380, 61.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド triostin A


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗がん剤 / 分子量: 794.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE ...詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (合成) Streptomyces sp. (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01129, TRIOSTIN A
#3: 化合物 ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗がん剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE ...詳細: TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
参照: TRIOSTIN A
構成要素の詳細TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ...TRIOSTIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, TRIOSTIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) QUI GROUP: 1 NAME: TRIOSTIN CHAIN: B COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 8 COMPONENT_2: QUINALDIC ACID CHROMOPHORE RESIDUES 0 AND 9 DESCRIPTION: TRIOSTIN IS A IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A DISULPHIDE BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12WATER1311
25MPD1614
38NA CACODYLATE1917
411MGCL2112110
514WATER115213
617MPD118216

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データ収集

回折平均測定温度: 257 K
検出器タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 2995 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.189 / 最高解像度: 1.67 Å
詳細: COORDINATES ARE REPORTED IN THE JRNL REFERENCE PAPER AS A COMPARISON.
Refine Biso クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52 120 24 0 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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