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- PDB-1vsr: VERY SHORT PATCH REPAIR (VSR) ENDONUCLEASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vsr
タイトルVERY SHORT PATCH REPAIR (VSR) ENDONUCLEASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素PROTEIN (VSR ENDONUCLEASE)
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE / DNA REPAIR / MISMATCH RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


T/G mismatch-specific endonuclease activity / mismatch repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch endonuclease VSR / DNA mismatch endonuclease Vsr / Endonuclease; Chain A / VSR Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch endonuclease Vsr
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tsutakawa, S.E. / Muto, T. / Jingami, H. / Kunishima, N. / Ariyoshi, M. / Kohda, D. / Nakagawa, M. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Crystallographic and functional studies of very short patch repair endonuclease.
著者: Tsutakawa, S.E. / Muto, T. / Kawate, T. / Jingami, H. / Kunishima, N. / Ariyoshi, M. / Kohda, D. / Nakagawa, M. / Morikawa, K.
履歴
登録1999年2月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (VSR ENDONUCLEASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8502
ポリマ－15,7851
非ポリマー651
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.020, 54.240, 73.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (VSR ENDONUCLEASE) / PATCH REPAIR PROTEIN / DNA MISMATCH ENDONUCLEASE


分子量: 15785.019 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 解説: PCR / 遺伝子: VSR / プラスミド: PLMVSR1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): VSR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P09184, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化pH: 6.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: ROOM TEMPERATURE BATCH, 75 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.5, 150 MM NACL, 2 MM DTT, 10% PEG 4K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
175 mMsodium phosphate11
2150 mM11NaCl
310 %PEG400011
410 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 12869 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 91.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: USED ROUNDS OF XPLOR AND REFMAC FOR REFINEMENT XPLOR-2 SIGMA CUTOFF, 6-1.8 A REFMAC-NO SIGMA CUTOFF, 20-1.8 A, BULK SOLVENT CORRECTION BOND LENGTHS (A) : 0.004 BOND ANGLES (DEGREES) : 2.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 637 5 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs-12206 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1097 0 1 63 1161
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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