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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vsr | ||||||
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タイトル | VERY SHORT PATCH REPAIR (VSR) ENDONUCLEASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | PROTEIN (VSR ENDONUCLEASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / ENDONUCLEASE / DNA REPAIR / MISMATCH RECOGNITION | ||||||
機能・相同性 | ![]() T/G mismatch-specific endonuclease activity / mismatch repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsutakawa, S.E. / Muto, T. / Jingami, H. / Kunishima, N. / Ariyoshi, M. / Kohda, D. / Nakagawa, M. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and functional studies of very short patch repair endonuclease. 著者: Tsutakawa, S.E. / Muto, T. / Kawate, T. / Jingami, H. / Kunishima, N. / Ariyoshi, M. / Kohda, D. / Nakagawa, M. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15785.019 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P09184, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: ROOM TEMPERATURE BATCH, 75 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.5, 150 MM NACL, 2 MM DTT, 10% PEG 4K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 12869 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 91.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: USED ROUNDS OF XPLOR AND REFMAC FOR REFINEMENT XPLOR-2 SIGMA CUTOFF, 6-1.8 A REFMAC-NO SIGMA CUTOFF, 20-1.8 A, BULK SOLVENT CORRECTION BOND LENGTHS (A) : 0.004 BOND ANGLES (DEGREES) : 2.1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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