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万見
- PDB-1vra: Crystal structure of Arginine biosynthesis bifunctional protein a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vra
タイトルCrystal structure of Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ (10175521) from Bacillus halodurans at 2.00 A resolution
要素(Arginine biosynthesis bifunctional protein ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / 10175521 / arginine biosynthesis bifunctional protein argJ / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / methione N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
arginine biosynthesis bifunctional protein suprefamily / ArgJ beta chain, C-terminal domain / Arginine biosynthesis protein ArgJ / ArgJ beta chain, C-terminal domain / ArgJ family / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...arginine biosynthesis bifunctional protein suprefamily / ArgJ beta chain, C-terminal domain / Arginine biosynthesis protein ArgJ / ArgJ beta chain, C-terminal domain / ArgJ family / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Arginine biosynthesis bifunctional protein ArgJ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ (10175521) from Bacillus halodurans at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE CLONING ARTIFACT: THE DENSITY FOR RESIDUE 252 SUGGESTS THAT THIS RESIDUE WAS A THREONINE ...SEQUENCE CLONING ARTIFACT: THE DENSITY FOR RESIDUE 252 SUGGESTS THAT THIS RESIDUE WAS A THREONINE AND NOT AN ALANINE. SEQUENCING OF THE CONSTRUCT IS CONSISTENT WITH RESIDUE 252 BEING A THREONINE IN THE EXPRESSED PROTEIN.
Remark 400COMPOUND THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 196 AND 197. SIMILAR PROTEOLYSIS HAS BEEN ...COMPOUND THERE IS A BREAK IN THE CHAIN BETWEEN RESIDUES 196 AND 197. SIMILAR PROTEOLYSIS HAS BEEN SHOWN TO BE THE RESULT OF AUTO-PROTEOLYTIC SELF-ACTIVATION OF THE ENZYME IN HOMOLOGS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
B: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,73221
ポリマ－45,5472
非ポリマー1,18519
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
2
A: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
B: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
ヘテロ分子

A: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
B: Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,46442
ポリマ－91,0934
非ポリマー2,37038
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area24140 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.658, 70.658, 222.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Arginine biosynthesis bifunctional protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ


分子量: 22350.490 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha chain, residues 1-196 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
解説: both chain A and chain B were expressed from a single construct which encodes residues 1-411 of the ARGJ gene
遺伝子: argJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9K8V3, glutamate N-acetyltransferase, amino-acid N-acetyltransferase
#2: タンパク質 Arginine biosynthesis bifunctional protein argJ


分子量: 23196.146 Da / 分子数: 1 / 断片: beta chain, residues 197-411 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
解説: both chain A and chain B were expressed from a single construct which encodes residues 1-411 of the ARGJ gene
遺伝子: argJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9K8V3, glutamate N-acetyltransferase, amino-acid N-acetyltransferase

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非ポリマー , 4種, 407分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0559.62
22.8356.23
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop4.240.0% Ethylene-Glycol, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop4.240.0% Ethylene-Glycol, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.99187
シンクロトロンALS 8.2.120.97963, 0.99187, 0.97941
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991871
20.979631
30.979411
反射解像度: 2→29.81 Å / Num. obs: 38627 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 27.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique all: 2387 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA5.0)データスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
Xpleo精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.1 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.1
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) AN UNIDENTIFIABLE LIGAND, UNL, HAS BEEN MODELED INTO DENSITY NEAR RESIDUES A35-A37.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15782 1935 5 %RANDOM
Rwork0.13967 ---
obs0.14056 36636 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 84 388 3440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9624233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83336709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9695404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78825.935123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65715508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.939159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.22905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21824
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1171.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2191.5842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14623241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48531208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5814.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1020.21
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.16 125 4.93 %
Rwork0.135 2413 -
obs--90.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1750.052-0.25160.3256-0.38470.8519-0.026-0.13650.02830.0294-0.00330.0692-0.0578-0.02820.0293-0.21980.00580.0111-0.11720.029-0.16728.598324.376280.0371
20.96570.494-0.2144.5951-0.36351.97010.0561-0.20320.03510.0374-0.1147-0.1447-0.28420.15880.0586-0.1978-0.04890.0217-0.12720.0032-0.227249.420538.962962.5222
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 19618 - 208
21BB197 - 2821 - 86
32BB283 - 40987 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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