PDB-1vr4: Crystal Structure of MCSG TArget APC22750 from Bacillus cereus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vr4

タイトル

Crystal Structure of MCSG TArget APC22750 from Bacillus cereus

要素

hypothetical protein APC22750

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pentamer / Hypothetical Protein / PSI / Protein Structure Initiative / The Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0145, YbjQ-like / Putative heavy-metal-binding / UPF0145 domain superfamily / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0145 protein BC_1012

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Yang, X. / Brunzelle, J.S. / McNamara, L.K. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of MCSG TArget APC22750 from Bacillus cereus
著者: Brunzelle, J.S. / McNamara, L.K. / Yang, X. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / MCSG

履歴

登録	2005年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2005年2月8日	ID: 1YBB
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vr4.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vr4.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1vr4_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vr4_full_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示
XML形式データ	1vr4_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	1vr4_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1k0a-d 2wb9-d 1yq1-d 1hqo-d 4nhz-7 1k0d-1 6ki1-1 1gsc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC22750MCSG

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein APC22750

B: hypothetical protein APC22750

C: hypothetical protein APC22750

D: hypothetical protein APC22750

E: hypothetical protein APC22750

55.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.940, 53.560, 53.480
Angle α, β, γ (deg.)	65.88, 70.37, 70.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	hypothetical protein APC22750 分子量: 11046.733 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q81H14
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99.8 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→30 Å / Num. all: 28306 / Num. obs: 26115 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.09→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.09→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 7.28 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27655	2117	8.6 %	RANDOM
R_work	0.21015	-	-	-
all	0.21609	26115	-	-
obs	0.21609	22639	87.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.771 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0.72 Å²	-0.41 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-1.07 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3575	0	0	151	3726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.976	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.197	5	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.712	1.5	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.343	2	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.381	3	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.951	4.5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.148 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	80
R_work	0.239	1168

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0573	1.0471	-0.8225	4.8667	-0.69	3.0997	-0.094	0.07	-0.2396	0.0348	0.0946	0.1587	0.2085	-0.1787	-0.0007	0.0929	0.0197	-0.006	0.0579	-0.0197	0.0361	14.2096	29.9515	-0.8951
2	8.8699	-1.6	-1.9608	4.7858	0.3378	4.8199	0.0116	-0.3411	-0.3116	0.3563	-0.042	0.009	0.0927	-0.0845	0.0304	0.0917	-0.0019	-0.0271	0.0001	-0.0016	0.0501	17.4917	25.4596	11.7104
3	7.2324	-3.686	-1.1863	4.4521	0.7916	2.9529	-0.0071	-0.3754	-0.0547	0.4663	0.0672	0.0779	0.1236	-0.162	-0.0601	0.1659	-0.0529	0.0183	0.0968	0.0127	0.0517	13.2854	39.1401	23.8983
4	7.0662	-1.0387	2.9995	2.5389	-0.217	4.2295	-0.1065	0.0281	0.2805	-0.0528	-0.0501	0.2713	-0.3623	-0.2279	0.1566	0.0825	0.0213	0.0021	0.0258	-0.0035	0.084	12.4119	53.7304	14.19
5	2.9032	2.7558	1.3619	4.7216	1.9259	3.1805	-0.164	0.1862	0.0398	-0.163	0.0865	0.1059	-0.0734	-0.2055	0.0776	0.0757	0.0083	0.0115	0.0752	0.0303	0.0394	16.2687	47.1956	-2.1929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 103	1 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 103	1 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 103	1 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 103	1 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 103	1 - 103

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関連情報:EMDBヘッダ

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