PDB-1vqy: CRYSTAL STRUCTURE OF a NIPSNAP FAMILY PROTEIN (ATU5224) FROM AGRO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vqy

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF a NIPSNAP FAMILY PROTEIN (ATU5224) FROM AGROBACTERIUM TUMEFACIENS STR. C58 AT 2.40 A RESOLUTION

要素

hypothetical protein AGR_pAT_315

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

NIPSNAP / : / NIPSNAP / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (np_396154.1) from Agrobacterium tumefaciens at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vqy.cif.gz	181.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vqy.ent.gz	150.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vqy_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vqy_full_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示
XML形式データ	1vqy_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	1vqy_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ixu-2 5k9f-1 2ap6-d 5njb-1 5njb-2 5nj9-1 2oys-2 4lrv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 356436

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein AGR_pAT_315

B: hypothetical protein AGR_pAT_315

C: hypothetical protein AGR_pAT_315

D: hypothetical protein AGR_pAT_315

E: hypothetical protein AGR_pAT_315

F: hypothetical protein AGR_pAT_315

G: hypothetical protein AGR_pAT_315

H: hypothetical protein AGR_pAT_315

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.035, 110.924, 129.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 13 - 116

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	hypothetical protein AGR_pAT_315 分子量: 13693.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: AGR_pAT_315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UK99, UniProt: A9CLJ4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 15% PEG MME 5000, 0.06M Tris Cl, 0.04M Tris_base, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	0.979625
シンクロトロン	ALS	8.3.1	2		0.979625,0.979741,1.019951

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月9日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979625	1
2	0.979741	1
3	1.019951	1

反射

解像度: 2.4→29.28 Å / Num. obs: 38294 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.74 Å² / R_sym value: 0.153 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2768 / R_sym value: 0.325 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 15.682 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.269
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24436	1913	5 %	RANDOM
R_work	0.18633	-	-	-
obs	0.18932	36309	97.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.119 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6798	0	5	480	7283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.978	9374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	15321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.442	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.607	22.562	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.744	15	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.265	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.24	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.553	3	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.406	3	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.76	5	6790
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.284	8	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.421	11	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3285

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1618 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.47	0.5
2	B	medium positional	0.44	0.5
3	C	medium positional	0.3	0.5
4	D	medium positional	0.45	0.5
5	E	medium positional	0.35	0.5
6	F	medium positional	0.35	0.5
7	G	medium positional	0.32	0.5
8	H	medium positional	0.39	0.5
1	A	medium thermal	0.61	2
2	B	medium thermal	0.61	2
3	C	medium thermal	0.62	2
4	D	medium thermal	0.67	2
5	E	medium thermal	0.63	2
6	F	medium thermal	0.64	2
7	G	medium thermal	0.58	2
8	H	medium thermal	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	132	4.82 %
R_work	0.226	2608	-
obs	-	-	96.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3098	0.7004	0.4893	2.1958	0.4334	0.9965	0.0783	-0.0337	-0.1463	-0.0407	-0.0121	-0.2019	0.1902	0.1796	-0.0662	0.0031	-0.0005	-0.008	-0.022	0.0075	-0.0294	139.6331	41.2438	30.445
2	0.5518	0.334	-0.1812	1.2811	-0.2611	0.5421	0.0639	-0.0449	0.0399	0.0449	-0.0038	0.1435	-0.0736	-0.1399	-0.0601	-0.0436	-0.0073	0.0039	-0.0091	0.0083	-0.051	100.7312	52.6509	30.8529
3	1.3469	0.7863	0.0675	1.0709	-0.0142	1.1764	-0.0496	0.0574	-0.0142	-0.1109	-0.0238	-0.0437	0.0005	-0.0152	0.0733	-0.0704	0.0064	0.0128	-0.0407	-0.0004	-0.072	119.7377	48.523	10.8263
4	0.8687	0.1483	0.1102	2.238	0.5195	0.8162	-0.001	-0.1987	-0.1839	0.145	-0.0139	-0.2026	0.0865	-0.0396	0.015	-0.0205	-0.0027	-0.0063	-0.0153	0.0357	-0.0475	119.8021	45.8925	50.4514

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 104	12 - 116
2	1	B	B	-9 - 104	3 - 116
3	2	C	C	0 - 104	12 - 116
4	2	D	D	1 - 104	13 - 116
5	3	E	E	1 - 104	13 - 116
6	3	F	F	0 - 104	12 - 116
7	4	G	G	0 - 104	12 - 116
8	4	H	H	0 - 104	12 - 116

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