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- PDB-1vqt: Crystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase (TM0332... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vqt
タイトルCrystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase (TM0332) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / TM0332 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Orotidine 5'-phosphate decarboxylase (TM0332) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,86610
ポリマ－24,3071
非ポリマー5599
水1,09961
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,73220
ポリマ－48,6152
非ポリマー1,11718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)70.688, 85.550, 48.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase


分子量: 24307.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: pyrF, TM0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYG7, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 12.0% PEG-20000, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00003
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 17410 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 4.81 % / Biso Wilson estimate: 55.68 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 28.05
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.41 % / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique all: 836 / % possible all: 95.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EIX

1eix


解像度: 2→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 10.256 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22088 758 5.1 %RANDOM
Rwork0.18139 ---
obs0.18343 14180 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å2-1.36 Å2
2---3.3 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 36 61 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.9782025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83933370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2445189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10223.45555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75415262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.956158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4940.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1780.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.51027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2571.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47621528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2563607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3234.5497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2709
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 55 5.03 %
Rwork0.231 1039 -
obs--99.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.8629 Å / Origin y: -0.5404 Å / Origin z: 6.3329 Å
111213212223313233
T-0.4204 Å20.0579 Å20.004 Å2--0.2166 Å2-0.0345 Å2---0.2047 Å2
L1.4522 °20.2878 °20.6096 °2-3.8075 °2-0.5939 °2--6.7371 °2
S-0.1414 Å °0.1884 Å °0.0434 Å °-0.5243 Å °-0.238 Å °0.1188 Å °-0.1238 Å °-0.2235 Å °0.3794 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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