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- PDB-1vqs: Crystal structure of a nipsnap family protein with unknown functi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vqs
タイトルCrystal structure of a nipsnap family protein with unknown function (atu4242) from agrobacterium tumefaciens str. c58 at 1.50 A resolution
要素hypothetical protein AGR_L_1239
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Ferredoxin-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (np_356412.1) from Agrobacterium tumefaciens at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein AGR_L_1239
B: hypothetical protein AGR_L_1239
C: hypothetical protein AGR_L_1239
D: hypothetical protein AGR_L_1239
E: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,12812
ポリマ－69,4115
非ポリマー7177
水17,168953
1
A: hypothetical protein AGR_L_1239
B: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

A: hypothetical protein AGR_L_1239
B: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

A: hypothetical protein AGR_L_1239
B: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

A: hypothetical protein AGR_L_1239
B: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,30020
ポリマ－111,0588
非ポリマー1,24112
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area25810 Å2
ΔGint-351 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA, PQS
2
C: hypothetical protein AGR_L_1239
D: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

C: hypothetical protein AGR_L_1239
D: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

C: hypothetical protein AGR_L_1239
D: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子

C: hypothetical protein AGR_L_1239
D: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,30020
ポリマ－111,0588
非ポリマー1,24112
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area24500 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA, PQS
3
E: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,89210
ポリマ－69,4115
非ポリマー4805
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_546x,-y-1,-z+11
crystal symmetry operation7_646y+1,x-1,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area21980 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
4
E: hypothetical protein AGR_L_1239
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,82716
ポリマ－111,0588
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_546x,-y-1,-z+11
crystal symmetry operation7_646y+1,x-1,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.792, 94.792, 303.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

SO4

21B-105-

SO4

31C-105-

SO4

41D-105-

SO4

51E-105-

SO4

61B-178-

HOH

71B-297-

HOH

81B-298-

HOH

91C-270-

HOH

101C-275-

HOH

111D-258-

HOH

121D-288-

HOH

131E-214-

HOH

141E-218-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein AGR_L_1239


分子量: 13882.296 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: np_356412.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U857
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 14% PEG MME 2000, 0.175M Sulfate_NH4, 0.05M Tris_base, 0.05M Tris Cl, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.979648
シンクロトロンALS 8.3.120.979648,1.019943
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796481
21.0199431
反射解像度: 1.5→29.97 Å / Num. obs: 110198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 23.19 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 8036 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4 4.2データスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.659 / SU ML: 0.032 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AMMONIUM SULFATE IS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION AND FIVE PAIRS OF PARTIAL OCCUPANCY SULFATE ANIONS ARE LOCATED NEAR THE SIDECHAIN OF ARG ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AMMONIUM SULFATE IS INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION AND FIVE PAIRS OF PARTIAL OCCUPANCY SULFATE ANIONS ARE LOCATED NEAR THE SIDECHAIN OF ARG 9 ON EACH SUBUNIT. THE SULATE MOLECULES IN EACH PAIR ARE RELATED BY A 4-FOLD INVERSION SYMMETRY AXIS THAT COINCIDES WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC FOUR-FOLD AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17681 5508 5 %RANDOM
Rwork0.15099 ---
obs0.1523 104690 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4563 0 41 953 5557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9666578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886310432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.935560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.13322.134239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.03415876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.351548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.24338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22640
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.2030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.91733435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.35731127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84354566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50982307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.484112012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.22197
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 411 5.12 %
Rwork0.234 7613 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4119-0.0610.01730.2259-0.00160.56090.00030.04360.1009-0.01830.0065-0.0417-0.09380.0172-0.0068-0.1164-0.01420.0153-0.13710.0084-0.113610.62717.49663.747
20.22140.00330.00660.4255-0.01630.99720.0265-0.0111-0.0217-0.00050.004-0.12990.04660.2202-0.0305-0.15270.0131-0.0104-0.0856-0.0185-0.109120.284-2.791117.183
31.2471-0.5462-0.32460.81410.03230.9031-0.00640.06140.1636-0.0229-0.07510.0626-0.2147-0.13150.0815-0.08960.0166-0.0526-0.14510.0059-0.094341.753-26.948142.892
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-5 - 1047 - 116
21BB-6 - 1046 - 116
32CC-5 - 1047 - 116
42DD-5 - 1047 - 116
53EE-5 - 1047 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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