PDB-1vqr: Crystal structure of a virulence factor (cj0248) from campylobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vqr

タイトル

Crystal structure of a virulence factor (cj0248) from campylobacter jejuni subsp. jejuni at 2.25 A resolution

要素

hypothetical protein Cj0248

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Hd-domain/pdease-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Metal-dependent hydrolase HDOD / HDOD domain / HD-related output (HDOD) domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of virulence factor CJ0248 from Campylobacter jejuni at 2.25 A resolution reveals a new fold.
著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / ...

履歴

登録	2004年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4mc0-1 5oxt-2 1av6-d 3rx2-d 6ekw-d 4i5x-d 5er8-1 4xzh-2 2pd9-d 6bdr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 356952

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登録構造単位

A: hypothetical protein Cj0248

B: hypothetical protein Cj0248

C: hypothetical protein Cj0248

D: hypothetical protein Cj0248

135 kDa, 4 ポリマー
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1

A: hypothetical protein Cj0248

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: hypothetical protein Cj0248

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: hypothetical protein Cj0248

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: hypothetical protein Cj0248

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.141, 122.090, 96.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	MSE	MSE	5	A	A	1 - 5	13 - 17
2	1	MSE	MSE	MSE	MSE	5	B	B	5	17
3	1	MSE	MSE	MSE	MSE	5	C	C	1 - 5	13 - 17
4	1	MSE	MSE	MSE	MSE	5	D	D	5	17
5	2	ASN	ASN	TYR	TYR	2	A	A	6 - 29	18 - 41
6	2	ASN	ASN	TYR	TYR	2	B	B	6 - 29	18 - 41
7	2	ASN	ASN	TYR	TYR	2	C	C	6 - 29	18 - 41
8	2	ASN	ASN	TYR	TYR	2	D	D	6 - 29	18 - 41
9	3	VAL	VAL	GLU	GLU	5	A	A	30 - 38	42 - 50
10	3	VAL	VAL	GLU	GLU	5	B	B	30 - 38	42 - 50
11	3	VAL	VAL	GLU	GLU	5	C	C	30 - 38	42 - 50
12	3	VAL	VAL	GLU	GLU	5	D	D	30 - 38	42 - 50
13	4	THR	THR	ALA	ALA	2	A	A	39 - 92	51 - 104
14	4	THR	THR	ALA	ALA	2	B	B	39 - 92	51 - 104
15	4	THR	THR	ALA	ALA	2	C	C	39 - 92	51 - 104
16	4	THR	THR	ALA	ALA	2	D	D	39 - 92	51 - 104
17	5	ASP	ASP	ASN	ASN	5	A	A	93 - 98	105 - 110
18	5	ASP	ASP	ASN	ASN	5	B	B	93 - 98	105 - 110
19	5	ASP	ASP	ASN	ASN	5	C	C	93 - 98	105 - 110
20	5	ASP	ASP	ASN	ASN	5	D	D	93 - 98	105 - 110
21	6	PHE	PHE	LEU	LEU	2	A	A	99 - 170	111 - 182
22	6	PHE	PHE	LEU	LEU	2	B	B	99 - 170	111 - 182
23	6	PHE	PHE	LEU	LEU	2	C	C	99 - 170	111 - 182
24	6	PHE	PHE	LEU	LEU	2	D	D	99 - 170	111 - 182
25	7	ASN	ASN	ASN	ASN	5	A	A	171 - 175	183 - 187
26	7	ASN	ASN	ASN	ASN	5	B	B	171 - 175	183 - 187
27	7	ASN	ASN	ASN	ASN	5	C	C	171 - 175	183 - 187
28	7	ASN	ASN	ASN	ASN	5	D	D	171 - 175	183 - 187
29	8	LEU	LEU	LYS	LYS	2	A	A	176 - 255	188 - 267
30	8	LEU	LEU	LYS	LYS	2	B	B	176 - 255	188 - 267
31	8	LEU	LEU	LYS	LYS	2	C	C	176 - 255	188 - 267
32	8	LEU	LEU	LYS	LYS	2	D	D	176 - 255	188 - 267
33	9	GLU	GLU	ASN	ASN	6	A	A	256 - 280	268 - 292
34	9	GLU	GLU	ASN	ASN	6	B	B	256 - 280	268 - 292
35	9	GLU	GLU	ASN	ASN	6	C	C	256 - 280	268 - 292
36	9	GLU	GLU	ASN	ASN	6	D	D	256 - 280	268 - 292

詳細

BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY (SEC) AND MULTI-ANGLE LIGHT SCATTERING (MALS) SUPPORT THE ASSIGNMENT OF THE BIOLOGICAL OLIGOMERIZATION STATE AS A MONOMER. GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 2 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 3 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 4 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: D BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

#1: タンパク質	hypothetical protein Cj0248 分子量: 33786.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 (カンピロバクター) 生物種: Campylobacter jejuni / 株: subsp. jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PIP7, UniProt: Q0PBQ7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 20.0% PEG-6000, 1.0M LiCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.978956
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日 / 詳細: fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978956 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→61.05 Å / Num. obs: 56900 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.18 Å² / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3921 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
REFMAC		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→61.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 13.538 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.216
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. UNINTERPRETED DENSITY: LOOPS A34-35, B33-36, D31-36, AND HIS TAG FOR CHAIN C. 3. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY (SEC) AND MULTI-ANGLE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23286	2850	5 %	RANDOM
R_work	0.19312	-	-	-
obs	0.19519	54049	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	0 Å²	0.91 Å²
2-	-	-1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→61.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8475	0	0	193	8668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.962	11783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	18582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.178	5	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.608	25.489	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.482	15	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.491	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.11	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.256	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.616	3	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.278	3	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.415	5	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.529	8	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.027	11	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4382

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1362	tight positional	0.07	0.05
2	B	1362	tight positional	0.07	0.05
3	C	1362	tight positional	0.05	0.05
4	D	1362	tight positional	0.06	0.05
1	A	2106	medium positional	0.49	0.5
2	B	2106	medium positional	0.42	0.5
3	C	2106	medium positional	0.38	0.5
4	D	2106	medium positional	0.41	0.5
1	A	391	loose positional	0.56	5
2	B	391	loose positional	0.69	5
3	C	391	loose positional	0.62	5
4	D	391	loose positional	0.55	5
1	A	1362	tight thermal	0.17	0.5
2	B	1362	tight thermal	0.16	0.5
3	C	1362	tight thermal	0.16	0.5
4	D	1362	tight thermal	0.16	0.5
1	A	2106	medium thermal	0.96	2
2	B	2106	medium thermal	0.87	2
3	C	2106	medium thermal	0.87	2
4	D	2106	medium thermal	0.89	2
1	A	391	loose thermal	2.6	10
2	B	391	loose thermal	3.22	10
3	C	391	loose thermal	3.08	10
4	D	391	loose thermal	3.61	10

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	203	5.18 %
R_work	0.255	3713	-
obs	-	-	90.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9381	0.2025	-0.0127	2.1733	-0.276	2.326	0.0179	-0.1259	-0.04	-0.0613	-0.049	0.1651	0.1619	-0.1383	0.0311	-0.1405	-0.0148	0.0086	-0.1757	0.0397	-0.1668	-42.803	33.3602	23.4153
2	1.529	-0.1886	-0.2685	2.5495	-0.973	2.1859	-0.0372	-0.0954	0.0375	0.028	-0.0198	-0.0491	-0.0782	0.1077	0.057	-0.1407	-0.0747	-0.0241	-0.0127	0.0608	-0.1619	-43.8572	11.3491	63.6358
3	3.2267	-0.3455	0.2481	2.4534	0.6983	1.7335	0.0569	-0.8022	-0.1702	0.3794	0.0922	0.1695	0.2515	0.1157	-0.1492	-0.1059	0.0111	-0.0002	0.0282	0.0581	-0.0997	-45.7027	-10.7806	20.1252
4	3.38	0.3583	0.1217	4.2729	-0.2154	1.1364	0.1183	-0.3729	0.3621	-0.0462	-0.0647	-0.0403	-0.1907	0.0044	-0.0536	-0.1111	-0.016	-0.0089	-0.1585	-0.0922	-0.1475	-85.7391	10.7857	15.8128

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 285	12 - 297
2	2	B	B	5 - 281	17 - 293
3	3	C	C	1 - 281	13 - 293
4	4	D	D	5 - 281	17 - 293

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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