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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vqi | ||||||
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タイトル | GENE V PROTEIN MUTANT WITH ILE 47 REPLACED BY VAL 47 (I47V) | ||||||
要素 | GENE V PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / GENE V / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage f1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Skinner, M.M. / Sandberg, W.S. / Wang, A.H.-J. / Terwilliger, T.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Context dependence of mutational effects in a protein: the crystal structures of the V35I, I47V and V35I/I47V gene V protein core mutants. 著者: Zhang, H. / Skinner, M.M. / Sandberg, W.S. / Wang, A.H. / Terwilliger, T.C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Difference Refinement: Obtaining Differences between Two Related Structures 著者: Terwilliger, T.C. / Berendzen, J. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Structure of the Gene V Protein of Bacteriophage F1 Determined by Multiwavelength X-Ray Diffraction on the Selenomethionyl Protein 著者: Skinner, M.M. / Zhang, H. / Leschnitzer, D.H. / Guan, Y. / Bellamy, H. / Sweet, R.M. / Gray, C.W. / Konings, R.N. / Wang, A.H. / Terwilliger, T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vqi.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vqi.ent.gz | 21.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vqi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vqi_validation.pdf.gz | 354.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vqi_full_validation.pdf.gz | 354.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vqi_validation.xml.gz | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vqi_validation.cif.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9685.188 Da / 分子数: 1 / 変異: I47V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage f1 (ファージ) 属: Inovirus / 生物種: Enterobacteria phage M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69543 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 7906 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 47811 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→5 Å / σ(F): 2 詳細: SIDE CHAIN DISORDERED DENSITY FOR GLN 12 IS MODELED STEREOCHEMICALLY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |