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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vqb | |||||||||
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タイトル | GENE V PROTEIN (SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN) | |||||||||
![]() | GENE V PROTEIN | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / GENE V | |||||||||
機能・相同性 | ![]() rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Skinner, M.M. / Zhang, H. / Leschnitzer, D.H. / Guan, Y. / Bellamy, H. / Sweet, R.M. / Gray, C.W. / Konings, R.N.H. / Wang, A.H.-J. / Terwilliger, T.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the gene V protein of bacteriophage f1 determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein. 著者: Skinner, M.M. / Zhang, H. / Leschnitzer, D.H. / Guan, Y. / Bellamy, H. / Sweet, R.M. / Gray, C.W. / Konings, R.N. / Wang, A.H. / Terwilliger, T.C. #1: ![]() タイトル: Context-Dependence of Mutational Effects in a Protein: The Crystal Structures of the V35I, I47V and V35I/I47V Gene V Protein Core Mutants 著者: Zhang, H. / Skinner, M.M. / Sandberg, W.S. / Wang, A.H.-J. / Terwilliger, T.C. #2: ![]() タイトル: Difference Refinement: Obtaining Differences between Two Related Structures 著者: Terwilliger, T.C. / Berendzen, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9699.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Inovirus / 生物種: Enterobacteria phage M13 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 8113 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: SIDE CHAIN DISORDERED DENSITY FOR GLN 12 IS MODELED STEREOCHEMICALLY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |