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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vq2 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF T4-BACTERIOPHAGE DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE, MUTANT R115E | |||||||||
![]() | DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dCMP deaminase / dCMP deaminase activity / nucleotide biosynthetic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Almog, R. / Maley, F. / Maley, G.F. / Maccoll, R. / Van Roey, P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the R115E Mutant of T4-Bacteriophage 2'-Deoxycytidylate Deaminase 著者: Almog, R. / Maley, F. / Maley, G.F. / Maccoll, R. / Van Roey, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 715.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 717.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21197.041 Da / 分子数: 1 / 変異: R115E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: CD / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DDN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, DTT, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月10日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15589 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.97 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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