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- PDB-1vq1: Crystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vq1
タイトルCrystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1.1.-) (TM0488) from Thermotoga maritima at 2.80 A resolution
要素N5-glutamine methyltransferase, HemK
キーワードTRANSFERASE / TM0488 / N5-glutamine methyltransferase / HEMK(EC 2.1.1.-) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide chain release factor N5-glutamine methyltransferase / peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / translational termination / methylation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / : / PrmC N-terminal domain / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / : / PrmC N-terminal domain / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Release factor glutamine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1.1.-) (TM0488) from Thermotoga maritima at 2.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N5-glutamine methyltransferase, HemK
B: N5-glutamine methyltransferase, HemK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4964
ポリマ－66,6992
非ポリマー7972
水1267
1
A: N5-glutamine methyltransferase, HemK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7482
ポリマ－33,3501
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N5-glutamine methyltransferase, HemK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7482
ポリマ－33,3501
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.973, 58.611, 85.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLUGLUAA12 - 8524 - 97
21ARGARGGLUGLUBB12 - 8524 - 97
12LYSLYSSERSERAA86 - 28298 - 294
22LYSLYSSERSERBB86 - 28298 - 294

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 N5-glutamine methyltransferase, HemK


分子量: 33349.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYV8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 5.0% MPD, 10.0% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.09 Å / Num. obs: 15828 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.56 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 884 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 73.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nv8

1nv8


解像度: 2.8→36.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 42.973 / SU ML: 0.375 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DUE TO LACK OF DENSITY, THE FOLLOWING REGIONS WERE NOT MODELED: A/B1-11, A207-211, B205-211. SAM MODELED BASED ON RELATED STRUCTURE (1NV8)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27281 801 5.1 %RANDOM
Rwork0.20824 ---
obs0.21156 15024 95.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å20 Å2-1.54 Å2
2---7.5 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 54 7 4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5072.0025728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7839256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81723.146178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.37515744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.091533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.24203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3520.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.99532689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.38331094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39454219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28581736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.495111509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.22117
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1435tight positional0.030.05
1688medium positional0.310.5
1435tight thermal0.110.5
1688medium thermal0.582
21117tight positional0.040.05
21749medium positional0.360.5
21117tight thermal0.140.5
21749medium thermal0.762
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 53 6.02 %
Rwork0.346 827 -
obs--72.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.08320.1555-2.397111.42571.80029.74910.52640.450.3394-0.6257-0.1156-0.20670.0728-0.1706-0.4109-0.04910.0373-0.2921-0.01240.1524-0.28416.988111.95539.8928
23.90330.17221.43965.8365-1.33028.00990.1494-0.2047-0.05980.10870.26990.72380.1546-1.1116-0.4193-0.4297-0.0136-0.0507-0.34340.0767-0.308510.1764-3.23938.6992
312.3897-4.5672.997728.30962.618129.82290.805-0.54031.24761.317-1.28410.1522-2.4636-1.7830.47910.1358-0.07280.2074-0.07520.13880.20465.4521-28.085615.6415
45.78760.3821-0.88628.9155-1.32775.2313-0.16320.73470.2623-0.06450.53231.21550.0553-0.5838-0.369-0.3091-0.00060.0578-0.35990.0997-0.085826.104-13.4976-5.3668
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA12 - 8524 - 97
22AA86 - 28298 - 294
33BB12 - 8524 - 97
44BB86 - 28298 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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