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万見
- PDB-1vpz: Crystal structure of a putative carbon storage regulator protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpz
タイトルCrystal structure of a putative carbon storage regulator protein (csra, pa0905) from pseudomonas aeruginosa at 2.05 A resolution
要素Carbon storage regulator homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Csra-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolic process / regulation of single-species biofilm formation / protein secretion by the type VI secretion system / regulation of carbohydrate metabolic process / quorum sensing / protein secretion by the type III secretion system / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the global regulatory protein CsrA from Pseudomonas putida at 2.05 A resolution reveals a new fold.
著者: Rife, C. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / ...著者: Rife, C. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon storage regulator homolog
B: Carbon storage regulator homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0452
ポリマ－17,0452
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.066, 56.669, 98.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 53 / Label seq-ID: 13 - 65

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

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要素

#1: タンパク質 Carbon storage regulator homolog


分子量: 8522.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O69078
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 3.7
詳細: 30.0% MPD, 0.1M Phosphate Citrate pH 3.7, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.979508
シンクロトロンALS 5.0.220.979508,0.961114
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日 / 詳細: fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9795081
20.9611141
反射解像度: 2.05→27.23 Å / Num. obs: 8735 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 562 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→24.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 13.773 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.191
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: NO DENSITY FOR RESIDUES A56-62, B54-62. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27545 422 4.8 %RANDOM
Rwork0.21848 ---
obs0.22092 8281 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.76 Å20 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3----3.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 0 23 891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9431198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77532002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2275111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22522.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.80315164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4521511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.233569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6153238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0855907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5158336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.06111291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2397
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 767 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.630.5
medium thermal0.992
LS精密化 シェル解像度: 2.051→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 37 6.65 %
Rwork0.302 519 -
obs--84.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.194-0.95370.55962.0674-0.24035.3954-0.0972-0.08450.04260.22170.1-0.10590.0139-0.1244-0.0028-0.17930.00580.0026-0.0818-0.0117-0.14251.37528.20736.493
22.3546-0.2458-0.34283.1313-0.56454.973-0.05550.00520.0399-0.0940.0644-0.1521-0.0459-0.0921-0.0089-0.25540.00590.0103-0.0472-0.0173-0.1302-0.89232.71137.308
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-1 - 5411 - 66
22BB-2 - 5310 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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