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- PDB-1vpy: CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF72 family protein (EF0366) FROM ENTEROC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a DUF72 family protein (EF0366) FROM ENTEROCOCCUS FAECALIS V583 AT 2.52 A RESOLUTION
要素PROTEIN (hypothetical protein EF0366)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TIM ALPHA/BETA BARREL FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function UPF0759 / Protein of unknown function DUF72 / UPF0759 superfamily / Protein of unknown function DUF72 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / DUF72 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (ef0366) from Enterococcus faecalis v583 at 2.52 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (hypothetical protein EF0366)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3616
ポリマ－34,0991
非ポリマー2625
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.079, 114.079, 52.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (hypothetical protein EF0366)


分子量: 34099.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: ef0366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 29375004, UniProt: Q838R9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.5
詳細: 10.0% PEG-3000, 0.2M Zn(OAc)2, 0.1M Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979694, 0.979571, 1.019859
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月27日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796941
20.9795711
31.0198591
反射解像度: 2.52→28.52 Å / Num. obs: 13332 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.06 Å2 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1939 / Rsym value: 0.01038 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4 4.2データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→28.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 21.487 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.265
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) ELECTRON DENSITY IN TWO REGIONS, RESIDUES 11-19 AND 202-209 IS AMBIGUOUS AND THE STRUCTURE WAS NOT MODELED IN THESE REGIONS. 3) THE ...詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) ELECTRON DENSITY IN TWO REGIONS, RESIDUES 11-19 AND 202-209 IS AMBIGUOUS AND THE STRUCTURE WAS NOT MODELED IN THESE REGIONS. 3) THE ELECTRON DENSITY FOR THE SIDECHAIN OF CYS 71 INDICATES AN UNIDENTIFIED COVALENT MODIFICATION. 4) THE CRYSTALLIZATION CONTAINS 0.2M ZINC ACETATE; THEREFORE, SEVERAL ZN IONS WERE MODELED INTO ELECTRON DENSITY WITHIN COORDINATION DISTANCE OF POTENTIAL SIDECHAIN LIGANDS (I.E. HISTIDINE AND GLUTAMIC ACID).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25697 657 4.9 %RANDOM
Rwork0.22493 ---
obs0.22652 12658 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å2-1.01 Å20 Å2
2---2.01 Å20 Å2
3---3.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→28.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1998 0 8 37 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.9332799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.345248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52424.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.097157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3831.51281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61422019
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2463899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6534.5780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21396
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.586 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 47 4.81 %
Rwork0.306 930 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.1434-21.85185.98634.5063-7.42067.0195-1.427-1.25730.17473.54341.10180.8008-0.9678-0.42280.32520.0179-0.05890.01770.12760.0139-0.091323.853625.663338.6457
23.81120.034-0.29255.22990.07511.80390.12730.29210.1789-0.397-0.2142-0.5659-0.06640.05520.0869-0.07150.0304-0.0163-0.09810.1006-0.118329.757832.676524.3682
39.7998-3.9192.07197.8959-1.10672.010.165-0.3212-0.20920.0539-0.19330.64520.0778-0.06380.0283-0.0867-0.0383-0.0355-0.0906-0.0165-0.160814.881924.325731.863
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11-3 - 109 - 22
2221 - 20133 - 213
33210 - 265222 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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