+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vps | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER COMPLEXED WITH A DISIALYLATED HEXASACCHARIDE | |||||||||
![]() | POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / VIRUS COAT PROTEIN / OLIGOSACCHARIDE BINDING / VIRUS ASSEMBLY / SIALIC ACID | |||||||||
機能・相同性 | ![]() caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stehle, T. / Harrison, S.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structure of a polyomavirus VP1-oligosaccharide complex: implications for assembly and receptor binding. 著者: Stehle, T. / Harrison, S.C. #1: ![]() タイトル: The Structure of Simian Virus 40 Refined at 3.1 A Resolution 著者: Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Yan, Y. / Harrison, S.C. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of Murine Polyomavirus in Complex with Straight-Chain and Branched-Chain Sialyloligosaccharide Receptor Fragments 著者: Stehle, T. / Harrison, S.C. #3: ![]() タイトル: Structure of Murine Polyomavirus Complexed with an Oligosaccharide Receptor Fragment 著者: Stehle, T. / Yan, Y. / Benjamin, T.L. / Harrison, S.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 340 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 276.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE COORDINATE SET CONSISTS OF FIVE VP1 MOLECULES (A VP1 PENTAMER) THAT ARE EACH COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32087.213 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8 詳細: DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: WIGGLER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 188556 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 56.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.058 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: UNCOMPLEXED VP1 PENTAMER (PDB ENTRY 1VPN) 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|