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- PDB-1vps: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER COMPLEXED WITH A DISIALYLATED HEXASACCHARIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vps
タイトルPOLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER COMPLEXED WITH A DISIALYLATED HEXASACCHARIDE
要素POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS COAT PROTEIN / OLIGOSACCHARIDE BINDING / VIRUS ASSEMBLY / SIALIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Murine polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stehle, T. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: High-resolution structure of a polyomavirus VP1-oligosaccharide complex: implications for assembly and receptor binding.
著者: Stehle, T. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The Structure of Simian Virus 40 Refined at 3.1 A Resolution
著者: Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Yan, Y. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of Murine Polyomavirus in Complex with Straight-Chain and Branched-Chain Sialyloligosaccharide Receptor Fragments
著者: Stehle, T. / Harrison, S.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of Murine Polyomavirus Complexed with an Oligosaccharide Receptor Fragment
著者: Stehle, T. / Yan, Y. / Benjamin, T.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録1997年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
B: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
C: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
D: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
E: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,26510
ポリマ－160,4365
非ポリマー4,8295
水38,3182127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29440 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area55100 Å2
手法PISA
2
A: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
B: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
C: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
D: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
E: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
ヘテロ分子

A: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
B: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
C: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
D: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
E: POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,53120
ポリマ－320,87210
非ポリマー9,65910
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_674x-y+1,-y+2,-z-1/31
Buried area61590 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area107500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.500, 221.500, 99.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THE COORDINATE SET CONSISTS OF FIVE VP1 MOLECULES (A VP1 PENTAMER) THAT ARE EACH COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE.

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要素

#1: タンパク質
POLYOMAVIRUS VP1 PENTAMER


分子量: 32087.213 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Murine polyomavirus (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49302
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 965.858 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-3/a3-b1_a6-d2_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 8
詳細: DROP: 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 2.5 & ETHANOL 8-10 MG/ML PROTEIN RESERVOIR: 2.0 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 5 % ETHANOL
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 Mammonium phosphate1drop
22.5 %ethanol1drop
38-10 mg/mlprotein1drop
42.0 Mammonium phosphate1reservoir
55 %ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: WIGGLER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 188556 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 56.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNCOMPLEXED VP1 PENTAMER (PDB ENTRY 1VPN)

1vpn


解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 -2 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.177 188556 85.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11134 0 330 2127 13591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHOTOPH3.CHO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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