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- PDB-1vpr: Crystal structure of a luciferase domain from the dinoflagellate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpr
タイトルCrystal structure of a luciferase domain from the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum
要素luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel / fatty acid binding protein / lipocalin / luciferase / pH regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


dinoflagellate luciferase / luciferin monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases) / bioluminescence / cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Luminescent protein fold / Dinoflagellate luciferase / Dinoflagellate luciferase repeat / Dinoflagellate luciferase repeat / Dinoflagellate luciferase, N-terminal / Luciferase, helical bundle domain / Luciferase catalytic domain / Dinoflagellate luciferase repeat / Luciferase, helical bundle domain superfamily / Luciferase/LBP N-terminal domain ...Luminescent protein fold / Dinoflagellate luciferase / Dinoflagellate luciferase repeat / Dinoflagellate luciferase repeat / Dinoflagellate luciferase, N-terminal / Luciferase, helical bundle domain / Luciferase catalytic domain / Dinoflagellate luciferase repeat / Luciferase, helical bundle domain superfamily / Luciferase/LBP N-terminal domain / Luciferase helical bundle domain / Luciferase catalytic domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dinoflagellate luciferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lingulodinium polyedrum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schultz, L.W. / Liu, L. / Cegielski, M. / Hastings, J.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a pH-regulated luciferase catalyzing the bioluminescent oxidation of an open tetrapyrrole
著者: Schultz, L.W. / Liu, L. / Cegielski, M. / Hastings, J.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Characterization and crystallization of active domains of a novel luciferase from a marine dinoflagellate
著者: Liu, L. / Im, H. / Cegielski, M. / LeMagueres, P. / Schultz, L.W. / Krause, K.L. / Hastings, J.W.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0261
ポリマ－42,0261
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.989, 63.955, 96.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This is a single domain from the luciferase and is functional as a monomer.

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要素

#1: タンパク質 luciferase


分子量: 42025.523 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 866-1241 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lingulodinium polyedrum (真核生物)
プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O77206
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: MEPEG 2000, 100mM EPPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979070, 0.979259, 0.994904
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979071
20.9792591
30.9949041
反射解像度: 1.7→55 Å / Num. obs: 35921 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3145 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE R-FACTOR THAT WAS CALCULATED USING SFCHECK (0.388) IS MUCH GREATER THAN THAT REPORTED BY THE AUTHOR (0.199). THE REASON FOR THIS DISCREPANCY IS THAT SOME RESIDUES, DUE TO LACK OF ELECTRON ...詳細: THE R-FACTOR THAT WAS CALCULATED USING SFCHECK (0.388) IS MUCH GREATER THAN THAT REPORTED BY THE AUTHOR (0.199). THE REASON FOR THIS DISCREPANCY IS THAT SOME RESIDUES, DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY, WERE MODELED AS ALANINE AND THE SIDE CHAINS WERE LATER ADDED AFTER REFINEMENT IN ORDER TO ACCOMODATE THE DEPOSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5474 -Random 8%
Rwork0.199 ---
all0.199 ---
obs0.199 35879 88 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 0 252 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.31 434
Rwork0.29 -
obs-4983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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