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- PDB-1vpf: STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpf
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / CYSTINE KNOT / ANGIOGENESIS / VASCULOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of adherens junction organization / lymph vessel morphogenesis / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / lung vasculature development / vascular wound healing / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to early endosome / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / neuropilin binding / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / commissural neuron axon guidance / positive regulation of vascular permeability / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / surfactant homeostasis / platelet-derived growth factor receptor binding / sprouting angiogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / endothelial cell proliferation / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / cardiac muscle cell development / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / artery morphogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / fibronectin binding / positive regulation of cell division / macrophage differentiation / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Muller, Y.A. / De Vos, A.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Vascular endothelial growth factor: crystal structure and functional mapping of the kinase domain receptor binding site.
著者: Muller, Y.A. / Li, B. / Christinger, H.W. / Wells, J.A. / Cunningham, B.C. / de Vos, A.M.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization of the Receptor Binding Domain of Vascular Endothelial Growth Factor
著者: Christinger, H.W. / Muller, Y.A. / Berleau, L.T. / Keyt, B.A. / Cunningham, B.C. / Ferrara, N. / De Vos, A.M.
履歴
登録1997年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7954
ポリマ－47,7954
非ポリマー00
水3,441191
1
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
2
C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.190, 59.810, 77.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998934, 0.046111, 0.0021), (0.046138, 0.996116, 0.075), (0.001366, 0.075017, -0.997181)39.7, -1.6, 17.93
2given(-0.999584, -0.028418, 0.005004), (0.02843, -0.999593, 0.002344), (0.004935, 0.002485, 0.999985)11.6, 5.22, -38.82
3given(0.999837, 0.017115, 0.005777), (0.016532, -0.995875, 0.089215), (0.00728, -0.089105, -0.995996)27.7, 1.15, 57.1

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要素

#1: タンパク質
VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR / VEGF / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 4 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Christinger, H.W., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 26, 353.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.4 M1dropNaCl
414 %PEG33501reservoir
520 %isopropanol1reservoir
60.2 Mammonium acetate1reservoir
70.2 M1reservoirCaCl2
80.4 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 17684 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 56.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.103 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.041

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: A SOLVENT MASK WAS APPLIED DURING THE FINAL REFINEMENT ROUNDS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1755 9.9 %IN SMALL SHELLS
Rwork0.205 ---
obs0.205 16942 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.29 Å20 Å20 Å2
2---32.48 Å20 Å2
3---20.1816 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 0 191 3235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.62.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 234 9.6 %
Rwork0.363 1423 -
obs--90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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