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- PDB-1vmp: STRUCTURE OF THE ANTI-HIV CHEMOKINE VMIP-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmp
タイトルSTRUCTURE OF THE ANTI-HIV CHEMOKINE VMIP-II
要素PROTEIN (ANTI-HIV CHEMOKINE MIP VII)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / VMIP-II / CHEMOKINE / MONOMER / SARCOMA / HERPESVIRUS / HHV-8 / KAPOSI'S
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR chemokine receptor binding / chemokine activity / immune response / protein-containing complex / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral macrophage inflammatory protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liwang, A.C. / Wang, Z.-X. / Sun, Y. / Peiper, S.C. / Liwang, P.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: The solution structure of the anti-HIV chemokine vMIP-II.
著者: Liwang, A.C. / Wang, Z.X. / Sun, Y. / Peiper, S.C. / Liwang, P.J.
履歴
登録1999年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ANTI-HIV CHEMOKINE MIP VII)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1431
ポリマ－8,1431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 30MINIMIZED MEAN STRUCTURE
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ANTI-HIV CHEMOKINE MIP VII) / VMIP-II


分子量: 8142.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET32A+ / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98157
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D NOESY
1214D NOESY
1313D TOCSY
141HNHA
151HNHB
161HACAHB
171HBHA(CO)NH
181CBCA(CO)NH
191CBCANH
1101HCCHCOSY
1111HCCHTOCSY
1121CC(CO)NH
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED VMIP-II

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR MODIFIED構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 ( BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 ( BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANTS (GARRETT EL AL. (1984) J. MAGN. RESON. SER. B 104, 99-103) AND A CONFORMATIONAL DATA BASE POTENTIAL ( KUSZEWSKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI 5, 1067- 1080 AND (1997) J. MAGN. RESON. 125, 171-177).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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