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- PDB-1vmj: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE (TM072... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE (TM0723) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 1.52 A RESOLUTION
要素hypothetical protein TM0723
キーワードTRANSFERASE / PUTATIVE THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性YjbQ-like / Uncharacterised protein family UPF0047, YjbQ / YjbQ-like superfamily / Uncharacterised protein family UPF0047 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (TM0723) from Thermotoga maritima at 1.52 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM0723
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1295
ポリマ－17,8171
非ポリマー3114
水3,837213
1
A: hypothetical protein TM0723
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0723
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0723
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,38615
ポリマ－53,4523
非ポリマー93412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8770 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA, PQS
2
A: hypothetical protein TM0723
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,77230
ポリマ－106,9056
非ポリマー1,86724
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_666-y+5/4,-x+5/4,-z+5/41
crystal symmetry operation19_666-x+5/4,-z+5/4,-y+5/41
crystal symmetry operation24_666-z+5/4,-y+5/4,-x+5/41
Buried area18420 Å2
ΔGint-395 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.194, 110.194, 110.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-143-

SO4

21A-150-

HOH

31A-207-

HOH

41A-233-

HOH

51A-300-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM0723


分子量: 17817.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0723 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZI2
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6
詳細: 3.2M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.024627
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月9日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.024627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→27.55 Å / Num. obs: 35764 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 24.03 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.52→1.6 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5117 / Rsym value: 0.01166 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALA5.0)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VMF

1vmf


解像度: 1.52→27.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.965 / SU ML: 0.036 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE DENSITY FOR SO4 4 IS LOCATED ON CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS. THERE ARE SOME EXTRA DIFFERENCE DENSITY AFTER THE MODELLING OF 1/2 OCCUPIED SULFATE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16302 1790 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.14495 33973 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→27.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 16 213 1367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9631630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79532566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7175138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85823.22662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83615228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9071511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4023696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4113283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27751134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6748531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3511496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2660.25
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 136 5.24 %
Rwork0.284 2460 -
obs--99.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.981 Å / Origin y: 64.142 Å / Origin z: 50.498 Å
111213212223313233
T-0.0032 Å20.0021 Å2-0.018 Å2--0.0335 Å2-0.0058 Å2---0.0182 Å2
L0.5901 °20.1699 °20.2322 °2-0.3079 °20.1462 °2--0.5262 °2
S-0.0439 Å °-0.0317 Å °0.0728 Å °-0.0709 Å °0.0071 Å °0.0529 Å °-0.0954 Å °-0.0463 Å °0.0368 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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