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- PDB-1vmg: Crystal structure of MazG nucleotide pyrophosphohydrolase (138166... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmg
タイトルCrystal structure of MazG nucleotide pyrophosphohydrolase (13816655) from Sulfolobus solfataricus at 1.46 A resolution
要素Hypothetical protein SSO3215
キーワードHYDROLASE / 13816655 / MazG nucleotide pyrophosphohydrolase / Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性NTP pyrophosphohydrolase MazG, putative catalytic core / MazG nucleotide pyrophosphohydrolase domain / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : / Unknown ligand / NTP pyrophosphohydrolase MazG-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of MazG nucleotide pyrophosphohydrolase (13816655) from Sulfolobus solfataricus at 1.46 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1893
ポリマ－11,1821
非ポリマー72
水1,910106
1
A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3786
ポリマ－22,3642
非ポリマー144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein SSO3215
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,75712
ポリマ－44,7294
非ポリマー288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation15_645y+1,x-1,-z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.749, 79.749, 95.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-92-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein SSO3215


分子量: 11182.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97U11, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 1.5M Li2SO4, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979834 / 波長: 0.979834,0.979694,1.020035
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9798341
20.9796941
31.0200351
反射解像度: 1.46→25.62 Å / Num. obs: 25360 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 23.08 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2241 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 57.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALA4.2)データスケーリング
SHELXモデル構築
autoSHARP位相決定
REFMAC(5.2.0005)精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.46→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.453 / SU ML: 0.027 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN UNKNOWN ENTITY BETWEEN TYR 16 AND TRP 61 WAS AS UNK, UNKNOWN LIGAND. THE DENSITY LOOKS SIMILAR TO A GUANINE BASE. 3. THERE ARE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. AN UNKNOWN ENTITY BETWEEN TYR 16 AND TRP 61 WAS AS UNK, UNKNOWN LIGAND. THE DENSITY LOOKS SIMILAR TO A GUANINE BASE. 3. THERE ARE ADDITIONAL UNEXPLAINED DENSITIES NEAR ARG 23, TRP 31, TRP 61. IT MAY BE RELATED TO UNK, HOWEVER, DENSITY IS TOO FRAGMENTED TO IDENTIFY OR MODEL. 4. A LI ION WAS TENATIVELY MODELLED ACCORDING TO THE ENVIROMENT. AND ITS PRESENCE IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14633 1288 5.1 %RANDOM
Rwork0.14178 ---
obs0.14201 24059 93.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数655 0 10 106 771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.988971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.831625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.933582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01427.27333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09215152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.745151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1490.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3810.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1330.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9033444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3183171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3715708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2798320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.36711263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2040.23
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 37 5.34 %
Rwork0.256 656 -
obs--35.07 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 68.539 Å / Origin y: 7.845 Å / Origin z: 3.915 Å
111213212223313233
T-0.0081 Å20.0004 Å2-0.0002 Å2--0.0199 Å2-0.0041 Å2---0.0211 Å2
L0.4738 °2-0.2119 °20.08 °2-0.7849 °20.3208 °2--0.5075 °2
S0.0045 Å °0.003 Å °-0.0257 Å °0.0682 Å °-0.0261 Å °0.0546 Å °-0.0086 Å °-0.0386 Å °0.0216 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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