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- PDB-1vmf: CRYSTAL STRUCTURE OF a YBJQ-LIKE FOLD PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a YBJQ-LIKE FOLD PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (BH3498) FROM BACILLUS HALODURANS AT 1.46 A RESOLUTION
要素hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性YjbQ-like / Uncharacterised protein family UPF0047, YjbQ / YjbQ-like superfamily / Uncharacterised protein family UPF0047 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / BH3498 protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (10176122) from Bacillus halodurans at 1.46 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
C: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,25610
ポリマ－49,6913
非ポリマー5667
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.601, 58.951, 134.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 16563.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K772

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非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3146.64
22.243.54TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION OF THIS STRUCTURE. 2 A MAD DATA COLLECTED FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE THE STRUCTURE. THE INITIAL MODEL WAS THEN EXTENDED AND REBUILT WITH ARP/WARP USING THE AMPLITUDES FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO 1.46 A. REFINEMENT WAS AGAINST THE 1.46 A DATA.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.58.0% Ethylene Glycol, 10.0% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7.50.2M NaCl, 30.0% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.980075
シンクロトロンSSRL BL11-120.97957,0.979694,1.019859
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年6月11日flat mirror
ADSC2CCD2004年8月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystal Si(311) bent monochromatorMADMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9800751
20.979571
30.9796941
41.0198591
反射解像度: 1.46→29.48 Å / Num. obs: 78750 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10604 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALA5.0)データスケーリング
SHELXモデル構築
SHARP位相決定
REFMAC(5.2.0005)精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.46→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.137 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17483 3955 5 %RANDOM
Rwork0.14832 ---
obs0.14964 74793 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 36 417 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9154585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82636987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9025404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92223.938160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27515572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.23099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60832033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4353838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69253332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9581390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.223111253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0910.26
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 268 5.33 %
Rwork0.261 4762 -
obs--85.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5315-0.09170.17090.61890.01410.985-0.02030.09040.0211-0.1219-0.0211-0.0059-0.09670.03790.0413-0.0479-0.01-0.0015-0.02350.00690.012749.26317.1626.109
20.541-0.0620.30370.68220.27671.23970.0358-0.0825-0.06420.1078-0.01450.08680.1509-0.1569-0.0213-0.0476-0.0223-0.0058-0.02230.01320.029841.678.63622.556
30.62130.0640.44680.70850.2781.10670.03920.0506-0.03210.06140.0097-0.13610.05160.2062-0.0489-0.05330.0028-0.019-0.0152-0.00010.033561.1312.76921.658
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-2 - 13310 - 145
22BB-2 - 13310 - 145
33CC-1 - 13311 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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