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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vme | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Flavoprotein (TM0755) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution | ||||||
要素 | Flavoproteinフラボタンパク質 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / TM0755 / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Flavoprotein (TM0755) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vme.cif.gz | 188.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vme.ent.gz | 149.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vme | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: FEO / End label comp-ID: FEO / Refine code: 5 / Label seq-ID: 13
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47123.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZL4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 35.0% MPD, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.898407, 0.979029 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→48.92 Å / Num. obs: 85995 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 22.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6342 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS A316-324 AND B316-324 HAVE BEEN MODELED WITH ALTERNATE MAIN CHAIN CONFORMATIONS. DIFFERENCE DENSITY PRESENT IN THIS AREA IS LIKELY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS A316-324 AND B316-324 HAVE BEEN MODELED WITH ALTERNATE MAIN CHAIN CONFORMATIONS. DIFFERENCE DENSITY PRESENT IN THIS AREA IS LIKELY DUE TO DISORDERED SOLVENT AND OTHER TRANSIENT STATES OF THE CHAIN. A356 AND B353-357 HAVE BEEN MODELED AT 0.5 OCCUPANCY SINCE THE SIDE CHAIN OF 356 FROM EACH CHAIN WOULD CLASH WITH THE MAIN CHAIN CONFORMATION A OF A/B320. THE DENSITY FOR THE LOOP IS WEAK AND THERE IS EVIDENCE FOR A SECOND CONFORMATION, BUT IT IS NOT POSSIBLE TO BUILD THIS SECOND CONFORMATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.636 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.92 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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