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- PDB-1vme: Crystal structure of Flavoprotein (TM0755) from Thermotoga mariti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vme
タイトルCrystal structure of Flavoprotein (TM0755) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
要素Flavoprotein
キーワードELECTRON TRANSPORT / TM0755 / FLAVOPROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin ...Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / Flavodoxin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Flavoprotein (TM0755) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavoprotein
B: Flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,79410
ポリマ－94,2462
非ポリマー5488
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area29970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.242, 95.831, 90.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: FEO / End label comp-ID: FEO / Refine code: 5 / Label seq-ID: 13

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1AA - E1 - 401
2BB - I1 - 400

-
要素

#1: タンパク質 Flavoprotein


分子量: 47123.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZL4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 35.0% MPD, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.898407, 0.979029
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8984071
20.9790291
反射解像度: 1.8→48.92 Å / Num. obs: 85995 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6342 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC(5.2.0005)精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS A316-324 AND B316-324 HAVE BEEN MODELED WITH ALTERNATE MAIN CHAIN CONFORMATIONS. DIFFERENCE DENSITY PRESENT IN THIS AREA IS LIKELY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS A316-324 AND B316-324 HAVE BEEN MODELED WITH ALTERNATE MAIN CHAIN CONFORMATIONS. DIFFERENCE DENSITY PRESENT IN THIS AREA IS LIKELY DUE TO DISORDERED SOLVENT AND OTHER TRANSIENT STATES OF THE CHAIN. A356 AND B353-357 HAVE BEEN MODELED AT 0.5 OCCUPANCY SINCE THE SIDE CHAIN OF 356 FROM EACH CHAIN WOULD CLASH WITH THE MAIN CHAIN CONFORMATION A OF A/B320. THE DENSITY FOR THE LOOP IS WEAK AND THERE IS EVIDENCE FOR A SECOND CONFORMATION, BUT IT IS NOT POSSIBLE TO BUILD THIS SECOND CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18104 4306 5 %RANDOM
Rwork0.14687 ---
obs0.14858 81663 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-2.22 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 0 21 442 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9669196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.807314486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9975838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.69524.371286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.474151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4071523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.26085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23886
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.54234444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.72331672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17456720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.68282944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.601112470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.23277
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2355medium positional0.160.5
3778loose positional0.415
2355medium thermal0.992
3778loose thermal1.8110
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 303 4.84 %
Rwork0.184 5955 -
obs--98.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0554-0.20870.46170.80240.31841.7671-0.0343-0.14360.03030.13140.0689-0.09370.1084-0.0292-0.0346-0.06820.00660.0025-0.10150.0129-0.067743.1657-6.4453102.7843
22.4228-0.75260.84970.871-0.29411.56410.10120.5042-0.0541-0.1692-0.10010.04410.0840.1631-0.0012-0.04260.01490.04180.0272-0.0012-0.028536.9147-8.039266.1479
31.1935-0.13180.73531.20760.19371.469-0.04140.22080.0924-0.0872-0.10880.0553-0.17230.02830.1502-0.05830.00480.0011-0.01670.0175-0.06919.36597.692756.3136
40.7194-0.79570.50972.9703-0.75010.8057-0.1855-0.13870.12880.30020.1855-0.1486-0.05560.03730-0.03430.0252-0.0021-0.0456-0.01650.012928.915918.593485.779
546.1017-9.755222.194587.010835.756275.41510.96910.97141.386-0.8223-0.08310.277-1.49320.6006-0.88610.0388-0.01490.03930.01060.00490.027340.8153-1.272396.6988
635.4765-35.241729.69866.016116.318192.5680.1170.50840.2826-0.2096-0.0489-1.2758-1.07110.9265-0.0681-0.0045-0.04280.0269-0.00120.018-0.000516.7076.06759.8172
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 25013 - 262
22AA251 - 398263 - 410
33BB1 - 25013 - 262
44BB251 - 398263 - 410
55AF4011
66BG4001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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