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- PDB-1vma: Crystal structure of Cell division protein ftsY (TM0570) from The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vma
タイトルCrystal structure of Cell division protein ftsY (TM0570) from Thermotoga maritima at 1.60 A resolution
要素cell division protein FtsY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TM0570 / CELL DIVISION PROTEIN FTSY / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting / cell division / GTPase activity / GTP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cell division protein ftsY (TM0570) from Thermotoga maritima at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cell division protein FtsY
B: cell division protein FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3224
ポリマ－67,1062
非ポリマー2162
水7,098394
1
A: cell division protein FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5772
ポリマ－33,5531
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cell division protein FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7452
ポリマ－33,5531
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.446, 48.102, 90.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 cell division protein FtsY


分子量: 33552.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ40
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5
詳細: 10.0% PEG-6000, 0.1M Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.000034
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月2日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24.88 Å / Num. obs: 84144 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 28.56 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 6096 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA(CCP4 4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC(5.2.0001)精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1fts

1fts


解像度: 1.6→24.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.645 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 4219 5 %RANDOM
Rwork0.20674 ---
obs0.20905 79919 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20.06 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4408 0 14 394 4816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9796133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.845310205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9045586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.22225.491173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47415831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0581520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.24679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22710
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.37133009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.72331208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.20254720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.10681673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.219111413
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0850.21
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 327 5.37 %
Rwork0.253 5765 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45370.2817-0.1921.7393-0.02711.57820.01960.1676-0.0471-0.3305-0.0606-0.02810.04040.09710.0409-0.04490.0282-0.0006-0.10490.0017-0.17777.7831-0.85351.3226
20.7539-0.1021-0.43832.1553-0.21792.09460.0371-0.097-0.05120.3735-0.04020.4638-0.1511-0.22650.0031-0.08460.00090.0748-0.0567-0.0172-0.0646-7.44071.369326.7954
31.86092.0194-1.83163.44070.86668.3237-0.0310.1066-0.1713-0.2949-0.12960.06710.21480.07570.1606-0.05660.0119-0.035-0.1173-0.0144-0.12710.2483-6.63383.1385
41.4326-0.5131-0.32521.0813-0.16181.75780.0171-0.2845-0.01650.3843-0.0044-0.09160.2071-0.0194-0.01260.1631-0.0387-0.134-0.05910.0053-0.061217.8105-2.066841.7072
50.816-0.0806-0.31871.43070.49662.21810.05080.03970.02710.05350.0773-0.5734-0.03270.275-0.128-0.129-0.0058-0.0417-0.0691-0.0020.107332.85530.550316.1629
61.243-1.314-1.67513.34652.85165.95930.0326-0.2538-0.10830.1565-0.0664-0.01110.45740.24120.03380.21010.0144-0.1834-0.07370.0316-0.00825.0913-8.279739.2181
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 8213 - 94
22AA83 - 28295 - 294
33AA283 - 294295 - 306
44BB1 - 8213 - 94
55BB83 - 28295 - 294
66BB283 - 294295 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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