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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vm4
タイトルSolution structure of an antibacterial and antitumor peptide designed based on the N-terminal membrane anchor of E. coli enzyme IIA (Glucose)
要素peptide A4
キーワードANTIBIOTIC / amphipathic helix / antimicrobial peptide / bacterial membrane anchor / anticancer peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, G. / Li, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Correlation of Three-dimensional Structures with the Antibacterial Activity of a Group of Peptides Designed Based on a Nontoxic Bacterial Membrane Anchor.
著者: Wang, G. / Li, Y. / Li, X.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4811
ポリマ－1,4811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 100No NOE violations greater than 0.50, rms difference for bond deviations from ideality less than 0.01 A, rms difference for angle deviations from ideality less than 5 degrees, Structures with the lowerest energies in the ensemble.
代表モデルモデル #1most resemble the average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide A4


分子量: 1480.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized using the solid-phase method and purified by HPLC. The template sequence of the peptide is naturally found in Escherichia coli (bacteria).
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141(1H,15N)HSQC
151(1H,13C)HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear NMR techniques, plus the use of backbone angle restraints derived from a set of heteronuclear chemical shifts measured on the natural ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear NMR techniques, plus the use of backbone angle restraints derived from a set of heteronuclear chemical shifts measured on the natural abundance peptide bound to micelles.

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試料調製

詳細内容: 2mM peptide, 80mM sodium dodecylsulfate, 90% H2O and 10% D2O
溶媒系: 90% H2O and 10% D2O
試料状態pH: 5.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe/nmrDraw2.1Delaglio, F.data processing
PIPP1Garrett, D.noe picking
XPLOR-NIH1.06Schwieters, C.D., Kuszewski, J., Tjandra, N, Clore, G.M.精密化
MOLMOL2K.1Koradi, R.structural analysis and viewing
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 109 distances derived from the NOESY spectra, 22 backbone dihedral angles derived from a set of chemical shifts using the NMR program TALOS, and 5 chi1 angle restraints.
代表構造選択基準: most resemble the average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: No NOE violations greater than 0.50, rms difference for bond deviations from ideality less than 0.01 A, rms difference for angle deviations from ideality less ...コンフォーマー選択の基準: No NOE violations greater than 0.50, rms difference for bond deviations from ideality less than 0.01 A, rms difference for angle deviations from ideality less than 5 degrees, Structures with the lowerest energies in the ensemble.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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