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- PDB-1vly: Crystal structure of a putative aminomethyltransferase (ygfz) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vly
タイトルCrystal structure of a putative aminomethyltransferase (ygfz) from escherichia coli at 1.30 A resolution
要素Unknown protein from 2D-page
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA modification / folic acid binding / tRNA processing / iron-sulfur cluster assembly / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #160 / Alpha-Beta Plaits - #1630 / tRNA-modifying protein YgfZ / : / YgfZ, beta-barrel domain / YgfZ/GcvT conserved site / YgfZ/GcvT / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #160 / Alpha-Beta Plaits - #1630 / tRNA-modifying protein YgfZ / : / YgfZ, beta-barrel domain / YgfZ/GcvT conserved site / YgfZ/GcvT / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / tRNA-modifying protein YgfZ / tRNA-modifying protein YgfZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Unknown protein from 2D-page (Spot PR51) (b2898) from Escherichia coli k12 at 1.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unknown protein from 2D-page
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4317
ポリマ－38,1101
非ポリマー3216
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.814, 50.080, 52.014
Angle α, β, γ (deg.)94.68, 115.29, 116.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Unknown protein from 2D-page / Spot PR51


分子量: 38110.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ygfZ, b2898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39179, UniProt: P0ADE8*PLUS

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非ポリマー , 5種, 483分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.3
詳細: 0.2M CaAcetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.3, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.979129
シンクロトロンSSRL BL11-120.979508,0.885567
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月5日 / 詳細: flat mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystal Si(311) bent monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791291
20.9795081
30.8855671
反射解像度: 1.3→26.45 Å / Num. obs: 75749 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.89 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7630 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 61.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→26.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 1. TWO CALCIUM CATIONS WERE TENTAIVELY MODELED INTO THE STRUCTURE BASED ON THE INCLUSION OF 0.2M CALCIUM ACETATE IN THE CRYSTALLIZATION, AND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 1. TWO CALCIUM CATIONS WERE TENTAIVELY MODELED INTO THE STRUCTURE BASED ON THE INCLUSION OF 0.2M CALCIUM ACETATE IN THE CRYSTALLIZATION, AND PROXIMITY OF THE TWO SITES TO NEGATIVELY-CHARGED AMINO ACID SIDECHAINS. THE BOND VALENCE (MULLER ET AL. ACTA CRYST D. 2003 D59 PP. 32-37) ALSO INDICATES ASSIGNING A CA+2 CATION AT THIS POSITION. 2. THE ELECTRON DENSITY BETWEEN RESIDUES A260-A264 AND A269-A272 IS WEAK, THEREFORE, IT WAS NOT POSSIBLE TO BUILD SIDECHAIN COORDINATES IN THIS REGION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16785 3802 5 %RANDOM
Rwork0.13402 ---
obs0.13572 71946 89.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20.37 Å2-0.09 Å2
2---0.14 Å20.28 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 18 477 2970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9613510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05235569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4615324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92724.696115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9415442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1081516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21610
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3780.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.42731682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4113656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17152613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.13581043
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.37511897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.25
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.93835490
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.5063479
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.45234938
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 170 5.06 %
Rwork0.207 3189 -
obs--53.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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