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- PDB-1vlv: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase (TM1097) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlv
タイトルCrystal structure of Ornithine carbamoyltransferase (TM1097) from Thermotoga maritima at 2.25 A resolution
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TM1097 / ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase (TM1097) from Thermotoga maritima at 2.25 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1554
ポリマ－36,8701
非ポリマー2853
水1,69394
1
A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,86448
ポリマ－442,44512
非ポリマー3,41936
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation28_565x,-y+3/2,-z+1/21
crystal symmetry operation31_664-z+1,-x+3/2,y-1/21
crystal symmetry operation33_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation51_655-x+3/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation53_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation60_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
crystal symmetry operation74_665-x+3/2,-y+3/2,z1
crystal symmetry operation78_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation82_656-y+3/2,z+1/2,-x+11
Buried area60820 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area105440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)210.339, 210.339, 210.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-315-

PO4

21A-315-

PO4

31A-316-

PO4

41A-316-

PO4

51A-394-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 36870.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: argF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96108, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.1
詳細: 0.2% MPD, 0.2M NH4OAc, 0.1M Na,K-Phosphate pH 6.1, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月20日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→63.32 Å / Num. obs: 19349 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 58.84 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5014 / Num. unique all: 1366 / Rsym value: 0.734 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a1s

1a1s


解像度: 2.25→63.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 12.355 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1), HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2), THE DENSITY BETWEEN 235-244 IS WEAK AND IT IS NOT POSSIBLE TO BUILD THE MISSING RESIDUES INTO IT. 3), TWO PO4 ANIONS ARE LOCATED AT ...詳細: 1), HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2), THE DENSITY BETWEEN 235-244 IS WEAK AND IT IS NOT POSSIBLE TO BUILD THE MISSING RESIDUES INTO IT. 3), TWO PO4 ANIONS ARE LOCATED AT THE THREE-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS AT THE INTERFACE BETWEEN THREE MONOMERS. THE P AND O ATOMS ON THESE RESIDUES WERE MODELED WITH OCCUPANCIES OF 0.33.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21528 986 5.1 %RANDOM
Rwork0.18917 ---
obs0.19049 18186 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.765 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→63.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 15 94 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9633317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88235210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1185306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40723.727110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65515439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3211518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.22202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21428
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.51571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1541.5628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14922457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8233988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7354.5860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21154
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.313 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 65 4.85 %
Rwork0.293 1276 -
obs--96.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.47650.5205-0.47992.07630.37591.9867-0.0324-0.1881-0.23720.21590.0013-0.30390.11820.24280.0311-0.24650.0125-0.0413-0.07870.0037-0.1561186.4236152.698865.1229
27.9252-7.0483-3.974612.03118.22715.81410.1606-0.27630.2241-0.2748-0.0036-0.1908-0.57690.2854-0.157-0.1828-0.063-0.0532-0.0323-0.0123-0.1812186.9914164.675775.5007
34.90310.2720.29192.4983-0.58714.26590.1088-0.38260.19370.2639-0.2066-0.4037-0.38161.08140.0979-0.1676-0.1617-0.14710.2923-0.05540.0251199.5501166.347680.6084
48.17731.2670.28252.6751-0.07813.70470.1213-1.22860.00060.5323-0.1954-0.3469-0.05530.75550.0742-0.0196-0.061-0.15310.3476-0.0501-0.1729190.847162.521192.651
53.9967-0.4772-0.20321.51150.0788.2463-0.0268-0.2097-0.03710.1528-0.0438-0.14030.1436-0.17340.0706-0.2731-0.0444-0.0424-0.1946-0.0149-0.1802180.8309159.485871.0387
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11-4 - 1348 - 146
22135 - 149147 - 161
33150 - 234162 - 246
44245 - 292257 - 304
55293 - 313305 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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