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- PDB-1vlu: Crystal structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase (yor323c)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlu
タイトルCrystal structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase (yor323c) from Saccharomyces cerevisiae at 2.40 A resolution
要素Gamma-glutamyl phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / yor323c / GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / NADP binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamyl phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase (yor323c) from Saccharomyces cerevisiae at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyl phosphate reductase
B: Gamma-glutamyl phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2935
ポリマ－103,1862
非ポリマー1063
水2,234124
1
A: Gamma-glutamyl phosphate reductase
ヘテロ分子

A: Gamma-glutamyl phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3998
ポリマ－103,1862
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
2
B: Gamma-glutamyl phosphate reductase

B: Gamma-glutamyl phosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1862
ポリマ－103,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)123.041, 191.081, 125.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: HIS / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 0 - 435 / Label seq-ID: 12 - 447

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Gamma-glutamyl phosphate reductase / GPR / Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / Glutamyl-gamma-semialdehyde dehydrogenase / GSA dehydrogenase


分子量: 51593.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRO2, YOR323C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54885, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
13.5865.6
24.3671.6TWO CRYSTALS WERE USED IN THE SOLUTION OF THE STRUCTURE. DATA FROM ONE CRYSTAL WAS USED FOR SE-MET MAD PHASING AND DATA FROM ANOTHER CRYSTAL WAS USED FOR REFINEMENT.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.175M Na Cl, 0.06M Acetic Acid, 20.00% MPD, 0.04M Acetate_Na, 0.01M Cymal , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop.175M Na Cl, .06M Acetic Acid, 20% MPD, .04M Acetate_Na, 0.0008M Cymal-6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.983966
シンクロトロンSSRL BL9-120.97916, 0.97877, 0.90496
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2002年7月2日flat mirror
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2002年6月23日Flat mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystal Si(311) bent monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2single crystal Si(311) bent monochromatorMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9839661
20.979161
30.978771
40.904961
反射解像度: 2.29→47.83 Å / Num. obs: 60572 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 65.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.29→2.36 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2500 / % possible all: 51.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.29→47.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 12.483 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DUE TO INSUFFICIENT DENSITY, THE FOLLOWING SEGMENTS HAVE NOT BEEN MODELED: CHAIN A 187-188, 254-257, 318-330, 391-412 AND CHAIN B 186-187, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DUE TO INSUFFICIENT DENSITY, THE FOLLOWING SEGMENTS HAVE NOT BEEN MODELED: CHAIN A 187-188, 254-257, 318-330, 391-412 AND CHAIN B 186-187, 254-258, 321-330, 392-413. RAMACHANDRAN OUTLIERS A/B116 AND A334 ARE LOCATED IN WELL DEFINED DENSITY. THE NOMINAL RESOLUTION IS 2.40 A WITH 4140 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 2.40-2.29 (50 % COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24782 3075 5.1 %RANDOM
Rwork0.21043 ---
obs0.2123 57462 91.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5912 0 3 124 6039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.9618100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8985782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.01326.189244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.362151034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7171518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01734027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.46256260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.59182179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.886111840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.24122
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1560medium positional0.550.5
1333loose positional0.785
1560medium thermal0.942
1333loose thermal2.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 102 4.42 %
Rwork0.3 2205 -
obs--47.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8006-0.19520.20851.13690.45771.9292-0.0053-0.073-0.0531-0.0659-0.07350.23360.1594-0.40530.0789-0.2103-0.0763-0.0498-0.1485-0.0219-0.0053-16.007122.454926.5354
20.37510.13790.19580.93640.40291.08-0.05270.0094-0.0950.0934-0.02070.234-0.1699-0.2860.0735-0.17510.07930.0446-0.07240.0126-0.0296-16.424270.770534.6224
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 0 - 435 / Label seq-ID: 12 - 447

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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